DB | BrainSeq: eQTL

简介

http://eqtl.brainseq.org/
项目旨在描述主要神经精神疾病和对照样本中不同脑区域转录的多个方面的遗传和表观遗传调控特征。该联盟最初专注于精神分裂症和情绪障碍，其目标是阐明遗传关联的潜在分子机制，以确定新的治疗靶点。

该联盟目前由7家制药公司和一家非盈利医疗研究机构组成。
生成和分析与神经精神疾病相关的可公开获取的大脑基因组数据。

数据

Phase1: 738例样本的RNA-seq数据，包括健康对照、精分患者、重度抑郁患者、双相情感障碍患者。可查询/下载如下数据。

• phase1- eQTL Browser : 基于412例样本（175精分患者，237例健康对照）的eQTL结果。
  可输入SNP ID (rs号)、基因编号或名称进行查询，可以看到不同SNP allele下的表达量差异，在不同脑区（GTEx）的情况。

eQTL Browser

• phase1- Schizophrenia Browser：基于155例精分患者和196例健康对照的差异表达分析结果。

  
  Schizophrenia Browser

• phase1- Development Browser：从胎儿期到成年的基因表达变化情况，在五个层面统计了表达量（gene, exon, junction, transcript, expression region(ER)）。
  五个层面的定义见下图（参考自文献）

  
  

Phase2: dorsolateral prefrontal cortex（DLPFC）和海马核糖体的RNA-seq数据，研究对象为成年精神分裂症患者，以及横跨生命周期的情况。目前仅开放了hippo区域的eQTL browser数据，输入rs号或者基因编号或名称即可。

eQTL Browser 双击方框变散点图