比对文件、samtools 统计、提取比对到的序列、合并
2022-06-14 本文已影响0人
dashan1928
1.比对
magicblast -query myck-gi-1.fq1.gz -query_mate myck-gi-1.fq2.gz -db mussel_mito_genome/myga -infmt fastq -outfmt sam -num_threads 20 > myck-gi-1ga.sam
2.统计
samtools flagstat myck-gi-1co.sam
3.转换为bam
samtools view -bS myck-gi-1co.sam > myck-gi-1co.bam
4.提取（F 4 代表双端比对上的序列）
samtools view -b -h -F 4 myck-gi-1co.bam > myck-gi-1co.mapped.bam
samtools view -F 4 myck-gi-1.merged.bam | awk '{print $1}' >bammed.lis
get_selectedFastq.pl bammed.lis myck-gi-1.fq1.gz （提取筛选出来的.lis中的fastq文件）
