Kingship计算亲缘关系

今天介绍Kingship，pipeline来源于

万老师 卧总  哦嚯嚯嚯

软件下载

wget http://people.virginia.edu/\~wc9c/KING/executables/Linux-king14.tar.gz
tar -xzvf Linux-king14.tar.gz
(解压就能用)

准备pop.list

perl -lne 'if (/^#CHROM/) { @a = split/\s+/; print join "\n", @a[9..@a -1]; break;}'  test.vcf  > pop.list

转换为plink map格式

vcftools --vcf test.vcf --keep pop.list --plink --out pop

使用Plink生成需要的文件

plink --file pop --make-bed --out pop

使用KING计算亲缘关系

king -b pop.bed -m pop.map --prefix out

最终的结果就得到了，类似这样 out.kin0

out.kin0

然后给转成矩阵，脚本转就行，类似这样

matrix
然后画图，具体图片不展示了，保密。
原理暂且不说，依据自己的需求去掉个体即可。