GSEA输入文件的问题

之前习惯了先做差异分析，用p<0.05筛选以后再做GO,KEGG富集分析，导致做GSEA的时候也惯性思维觉得先要用pval做一个筛选后再取显著的基因做GSEA，但实际上是不需要的，GSEA的输入文件是所有基因的logFC，不需要做筛选，这也是和GO,KEGG富集分析的不同（这两个是先挑选显著差异基因，再根据差异基因做富集分析）。所以这也体现了GSEA分析的优势，不会放弃每一个差生（即pval不显著的）。