今天遇到了一个奇怪的问题，各种谷歌百度都没有找到对应的方案，囧。

具体问题描述

利用RStudio写好的.rmd文档，使用RStudio内置的knit按钮，或者在RStudio内部调用markdown::render()都可以正常生成结果HTML或者PDF文件。但当我将rmarkdown::render()写入一个总的R脚本（假设为test.R），然后在命令行使用

Rscript test.R

却没办法生成HTML或PDF结果，最奇怪的是运行结果没有任何error或者warning，通过插入debug点看到脚本确实是在运行到rmarkdown::render()的语句时停止了，但没有信息输出。

全网都没找到解决方案，最后自己好好想了一下，终于找到问题。

原因及解决方法

我们都知道R和RStudio是分开安装的，但我们不知道的是R安装的一般只有R的核心组件（R，Rscript等），而RStudio还会安装很多额外的功能程序，这一点从R/bin和RStudio/bin中的内容就可以很清楚地看到。而rmarkdown结果文件生成依赖一个程序，叫做pandoc，而这个pandoc只有在RStudio中随附安装，在R里面是没有的，这也就是为什么rmarkdown结果在RStudio中能够顺利生成，而利用R调用一样的语句确没有反应。

将pandoc可执行文件复制到R/bin下，或者将pandoc可执行文件加入系统环境变量，即可解决问题。