Perl脚本--计算基因组中染色体的长度

2020-04-25  本文已影响0人  余绕
#!usr/bin/perl

open FA,"$ARGV[0]";

$/=">";
<FA>;
while(<FA>){
chomp;
my ($id,$seq)=split/\n/,$_,2;

$seq=~s/\n//g;
$seq=~s/\s//g;

$len=length $seq;
print "$id\t$len\n";

}
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