2020-01-28 全转录组测序研究思路

全转录组测序研究思路

1.确定研究对象

对照组&处理组；健康组&疾病组；癌组织&癌旁组织……

2.应用RNA-seq获得4种RNA数据

3.筛选差异表达的mRNA，lncRNA，miRNA，circRNA

4.构建ceRNA调控网络，筛选ceRNA-mRNA调控pairs

5.QRT-PCR验证其表达量相关性

6.ceRNA调控关系验证

a. 从蛋白水平、RNA水平等验证ceRNA对靶标基因的作用；
b. 分析miRNA结合位点，ceRNA-miRNA调控关系；

7.功能验证

a. 细胞水平：细胞增殖，细胞凋亡及周期变化，肿瘤转移等；
b. 分子水平：Western Blot和免疫组化，siRNA干扰/过表达载体，免疫沉淀（IP）等；
c. 动物实验：构建动物模型，肿瘤模型；
d. 临床层面：检测动物表型及生化指标变化，术后恢复情况。