IBS距离矩阵

IBS是指两个个体中共有的等位基因序列相同，IBS的遗传距离可以衡量样本间的相似性，评价其亲缘关系。

/home/software/plink --allow-extra-chr --chr-set 27 --file ld.QC.75_noinclude0-502502-geno02-maf03 --distance-matrix

#利用pheatmap可视化IBS距离矩阵

所需的数据格式为plink.mdist中第一行加入样本ID

library(pheatmap)
library(RColorBrewer)

###读取matrix数据
my_data <- read.delim(file.choose("plink.mdist"))      
rownames(my_data) = colnames(my_data)
pheatmap(my_data, scale = "none",       
         mycolor <- brewer.pal(9,"PiYG"),       ########修改颜色    
      show_rownames = T, show_colnames = T, main = "Heatmap", border_color = NA,)