前言

没错，我还是继续吐槽：

keep并不是想如下的那么简答的！

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经过了前两文的准备文件，我们终于获得了中间的“sampleID.txt”文件了！

事实是这样子的

$ /Users/seedson/Downloads/plink_mac_20190617/plink --file /Volumes/Seagate\ Backup\ Plus\Drive/70389_LungSomke/CGEMS/GENEVA_LungCancer/phs000093v2/p2/genotype/phg000206v1/phg000206.v1.GENEVA_LungCancer.genotype-imputed-data.c1.CADM/chr2 --keep /Users/seedson/Desktop/file/SCfam.txt --make-bed --out sclschr220191101

说人话：

#告诉计算机plink位置：

$ /Users/seedson/Downloads/plink_mac_20190617/plink 

#告诉计算机要match的chr2文件位置

--file /Volumes/Seagate\ Backup\ Plus\ Drive/70389_LungSomke/CGEMS/GENEVA_LungCancer/phs000093v2/p2/genotype/phg000206v1/phg000206.v1.GENEVA_LungCancer.genotype-imputed-data.c1.CADM/chr2 

保留需要的“表型数据”-没错，就是写了两个文章的文件！

--keep /Users/seedson/Desktop/file/SCfam.txt 

输出二进制文件

--make-bed 

改个名字

--out sclschr220191101

至此，就得出了准备分析的“亚组”数据了。

后面就是根据每一染色体，修改名字，都提取出来了（重复的工作了～）

染色体3:

/Users/seedson/Downloads/plink_mac_20190617/plink --file /Volumes/Seagate\ Backup\ Plus\ Drive/70389_LungSomke/CGEMS/GENEVA_LungCancer/phs000093v2/p2/genotype/phg000206v1/phg000206.v1.GENEVA_LungCancer.genotype-imputed-data.c1.CADM/chr3 --keep /Users/seedson/Desktop/file/SCfam.txt --make-bed --out sclcch3

结果：

染色体5:

/Users/seedson/Downloads/plink_mac_20190617/plink --file /Volumes/Seagate\ Backup\ Plus\ Drive/70389_LungSomke/CGEMS/GENEVA_LungCancer/phs000093v2/p2/genotype/phg000206v1/phg000206.v1.GENEVA_LungCancer.genotype-imputed-data.c1.CADM/chr5 --keep /Users/seedson/Desktop/file/SCfam.txt --make-bed --out sclcch5

如此类推......

后记

--keep真™太简单了！

这能代表小白的心情么？

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