（上接Mimiconda的安装与配置）

1、上传和下载数据

创建WGBS文件夹用来存放测序数据和参考基因组序列数据

mkdir WGBS

数据存放位置.png

下载参考基因组和注释文件

Gencode数据库网站地址：http://www.gencodegenes.org

wget -c ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/gencode/Gencode_mouse/release_M25/GRCm38.p6.genome.fa.gz
wget -c ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/gencode/Gencode_mouse/release_M25/gencode.vM25.annotation.gtf.gz

下载结果.png

gunzip GRCm38.p6.genome.fa.gz
gunzip gencode.vM25.annotation.gtf.gz

2、创建虚拟小环境并下载所需软件

创建名为WGBS的安装软件环境（虚拟小环境）

conda create -n WGBS python=2

查看本地有多少个conda环境

conda env list

查看本地conda环境

激活WGBS虚拟小环境

conda activate WGBS

右上角出现WGBS显示激活成功

通过conda安装所需软件

fastp\fastqc\samtools\bismark\bowtie2\bedtools\Trimmomatic\cutadapt等
例：

conda install -y bismark

接下来，开始正式的数据分析工作！