1、去除冗余的reads

for i in control_P_R1 Insulin_hcg_P_R1  insulin_P_R1;do deduplicate_bismark --bam $i.clean_bismark_bt2_pe.bam --output_dir  ~/WGBS/dedup

结果：

生成deduplicated.bam和deduplication_report.txt文件

2、将bam文件转化为sam文件

for i in control_P_R1 Insulin_hcg_P_R1 insulin_P_R1;do samtools view – h $i.clean_bismark_bt2_pe.deduplicated.bam > $i.clean_bismark_bt2_pe.deduplicated.sam;done

结果：

结果

3、计算每个胞嘧啶的甲基化值

bismark_methylation_extractor --bedGraph -p --comprehensive --no_overlap --cytosine_report --counts --report --genome_folder ~/WGBS/ref control_P_R1.clean_bismark_bt2_pe.deduplicated.sam -o ~/WGBS/extr1

结果：

结果