技巧 | 基因家族功能域可视化
2021-03-20 本文已影响0人
biogeeker
在基因家族分析中，关于功能域可视化是一个相对比较简单的流程式方法。能够较好地了解不同物种间同一个家族结构域的保守和差异情况。单纯进行可视化的方法可以使用 TBtools，这个操作易上手，使用非常方便。
这里感谢作者的付出！TBtools 最新版本下载地址，在此也可以参考软件的详细使用方法。
- 我们先根据 gene id 提取 fasta 序列
图 1 - 根据 id 提取 gene fasta 序列
输入 gene id 和参考基因集即可提取。
- 下载最新版 TBtools，安装插件
Plugin_Batch SMART
图 2 - 安装插件 Batch SMART
- 可视化你的功能域结果
输入你要可视化的 fasta 序列和输出文件，可以参考图 2。输出结果包含两个文件：原有输出文件 smart_result.txt 和 smart_result.txt.info 文件。第一个文件信息比较简略，第二个包含多个数据库比对结果和 E-value 等信息。结果完成后，会自动出图。结果如下：
图 3 - 自动出图
如果想要重新生成结构域位置图，可以参考如下方法：
图 4 - 功能域可视化
将简版输出文件拖入，结果如下：
图 5 - 自定义作图
- 可以使用 Evolview 对进化树修饰美化（类似的网站有：
iTOLs）
使用 Evolview 对进化树添加蛋白结构域位置，格式如下：
# 基因ID\t基因长度\t第一个结构域起始,结束,结构域名称\t第二个结构域
id1 171 42,162,AAA
id2 738 46,168,BBB 343,462,CCC
这个在线网站由中科院开发，入手相对简单，功能也很丰富，最重要的是文档简单明了。Github 上不去的话，文档介绍可以看这里 · Evolview2 。我这里，摘取一张来自网站上的示例进化树图：
图 6 - 来自 Evolview
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