Genome VarScan | 基于Assembly的基因结构

正值双节，休假一周。休假前夕，我收到了一封邮件。不能说不难受，只能说非常难搞。
「Genome VarScan」一开始是想着后续要做一些杂交育种，开发一些分子标记，方便做真假杂种鉴定等等。当然，也可以用来快速开发标记区分手上种质。无奈之下，杂交育种工作基本是无望了，原因众多。当然，我说是材料问题也不为过。不过我后续发现，似乎不少做育种的朋友还挺喜欢这个插件。起码是用起来，用来开发分子标记，用于发表论文的分析工作，用于申请专利等等。具体一时间找不到推送，就不展开。
回到主题，收到了刘博士的邮件，如下

大体体积，TBtools 的 「Genome VarScan」表现不太行。这个有点复杂，因为「Genome VarScan」这个插件其实我觉得效果还可以，参考以前的推文，也有老师专门与我说很好用云云。但参考邮件描述，确实不太行。为此，我测试了一天，随后联系了刘博士，大体花费了两个人共三天的时间，我找到了一个小bug，「1 和 l 的区别....」。不知道是哪一次不小心？把 1 当做 l 写进去了。
于是整体 100 个 SV 只有 10 个不到是有真实多态的，原因很简单，坐标错了....
于是我调整回来，测试了下

选择Chr01前12个SV（顺手），设计引物后上 TBtools 的 PrimeCheck（同时还选中两个材料...发现有朋友不知道可以同时做多个物种的 Primer Check，输出电泳图....）。
其中 9 个有良好多态，对应的引物可以直接合成随后上实验验证（目前来说...TBtools 模拟 PCR 和 模拟 电泳 的结果，据说每一点问题，真阳性 100% ）

写在最后

路漫漫其修远兮，一封邮件，两个人，三天时间....鲁棒的软件，终究是需要有庞大的用户和及时的反馈。期望接下来 TBtools 软件能够更多辅助一线育种科学家开展工作~