GO富集分析简单介绍
2020-12-16 本文已影响0人
纪伟讲测序
GO富集分析原理简介和DAVID的GO富集分析方法操作演示
寻找差异表达的基因并挖掘它们可能的功能,是我们进行RNA测序的最主要目的。很明显,这些差异的基因必然与功能改变密切相关,例如,比较患病个体与正常个体的组织表达谱,不难想到这些表达显著改变的基因参与了疾病或免疫相关的生物学过程、信号通路等,基因表达水平的失调与疾病肯定密不可分。
我们平时看RNA-seq相关的文献时,文章中在鉴定了差异表达的基因后,大都会在随后承接几句关于这些失调基因所涉及通路的描述。例如,讨论这些差异基因主要映射到哪些GO或KEGG分类条目中,以说明基因表达的改变会导致哪些调控途径原有功能失调,进而与表型联系起来。通常称这种分析为GO、KEGG富集分析。
本节视频教程,就让我们带大家学习什么是GO、KEGG富集分析,它们的主要原理是什么,并简单展示使用DAVID进行差异表达基因GO富集分析的操作过程。
视频教程:
纪伟讲测序-GO基因功能富集分析教程
附:bilibili超清视频链接:https://www.bilibili.com/video/BV1ca4y1v7Mw/