2019-12-18 Day9学习- 3分0代码生信套路

看的第二遍了 第一遍看的忘记了 所以整理一下 以防又忘
虽然套路很老 图也没R做的好 但借鉴的地方还是很多

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IF 3分左右
PMID: 28901457 PMCID: PMC5780015 DOI: 10.3892/or.2017.5946
在肝癌中的生信分析-确定关键基因
GEO上下载基因，然后对基因进行筛选，筛选差异基因，然后做PPI网络，蛋白互作网络可视化，上下调基因标注，差异基因功能富集，关键基因富集，生存分析看是否有关系。

GEO数据下载和筛选差异基因

GEO网站 GSEXXX

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注意

比较时注意 cancer在下 Nomal在上

按住Ctrl选择 Shifit连续选 比较 SAVE ALL
保存TXT 复制到EXCEL
然后筛选差异基因 条件logFC（fold change）的绝对值≥1 , adj.p-value＜0.01
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对多个芯片取交集差异基因（Venn图）

对筛选好的基因做Venn图

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保存EXCEL和TXT数据

做PPI及上下调基因标注Cytoscape

蛋白互作网路 百度STRING

PPI
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PPI互作网络，将所筛选的全部差异基因输入，然后download TSV格式文件，EXCEL或Cytoscape打开，Cytoscape。按File+Import+Network+File.
Style美化

上下调基因筛选

在之前EXCEL文件中对基因列和logFC列进行上下调标注，VLOOK函数应用，上调UP，下调DOWN,logFC≥1 up，logFC≤-1 down。然后复制到TXT文档中，导入Cytoscape，File+Import+table+File。File collar ，按group分组，选择颜色形状。

显著Module和关键基因筛选

上下调基因筛选完成之后，APP+Manger+install MCODE 然后analysis，得出关键基因
记下筛选参数

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显著Module

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每个seed download

差异基因和最显著Module的GO及KEGG富集分析

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打开DAVID网站 Functional Annotation,导入差异基因，选择OFFICIAL-GENE-SYMBOL,GENE LIST-SUBMIT LIST.

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FDR值 矫正后p值

关键基因相互作用网络及功能分析

将之前SED保存的关键基因到EXCEL中，复制到cbioportal中做NETWORK。

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黑色为关键基因，其余为共表达基因。

功能分析

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Cytoscape，APPS+BINGO然后导入关键基因，选择GO种类，物种，start BINGO

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热图

使用在线网站UCSC，选择癌症类型，Genomic，Gene Expression

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然后选择亚型 Grade Symple type，最后拼接一起

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hub gene生存分析

也是使用在线网站cbioportal，选择TCGA数据，然后survival

关键基因 OncomineMeta分析

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Search 关键基因，选择cancer type，选择研究对象勾上，compare比较，记录p值和fold change，然后拼接

关键基因 Oncomine分析

选择关键基因 cancer typ 分级

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