全基因组信息获得物种分类信息

有了基因组，怎么知道它的物种分类？结果又应该怎么看？

方法一：
拿到这个网站跑一下
http://microbial-genomes.org/
当然你的基因组比较多的话，就需要本地化,然后写个简单的循环脚本运行即可。有需要再填坑
这个网站得到的注释信息还是比较准的。 原理就是根据你组装的基因组，预测基因，再和已知的库里面的物种的基因进行比较，根据相似性获得物种信息。它提供好几种模式，可按需选择。

方法二：
下面这个网站:https://narrative.kbase.us/narrative/80783也可以；另外，它能做的事情很多，基因组相关的全都有

方法一中的结果中有ANI（平均核苷酸一致性）和AAI（平均氨基酸一致性）

• ANI

  
  ANI

• AAI

  
  AAI

以前的黄金标准是70% DDH（DNA-DNA hybridization）一致性是同“种”的阈值。
ANI 和 AAI 我看大多博文说的都比较含糊，这里贴上文献大家共享。

可以看到：
95%大概是ANI的“种”界定阈值（注：此处相似性是基于直系同源蛋白编码基因，而通用标记基因一般对应的更高一些：96%）
90%大概是AAI的“种”的界定阈值，60%是“属”的界定阈值