Linux 系统上安装R及R包

因为安装Hic-Pro，需要依赖几个R包，比如ggplot2,又依赖>4.0的R，之前安的3.6，再重新安装一遍最新的吧，记录一下，省去了以后再重复查资料的过程。

一、先是官网上选择适合自己服务器的R：

https://cran.r-project.org/

二、下载并解压

wget https://cran.r-project.org/src/base/R-4/R-4.2.0.tar.gz

tar -zxvf R-4.2.0.tar.gz

./configure --with-pcre1

make  #会编译好久

三、然后加载R包

进入bin目录下:

./R

> install.packages("BiocManager")

> install.packages('ggplot2')

> install.packages('RColorBrewer')

> q()

Save workspace image? [y/n/c]: n

新安装的R包会默认的放到library目录下.

四、可能会遇见的镜像问题：

Warning: unable to access index for repository https://mirrors.bfsu.edu.cn/CRAN/src/contrib:

  cannot open URL 'https://mirrors.bfsu.edu.cn/CRAN/src/contrib/PACKAGES'

Warning message:

package ‘BiocManager’ is not available for this version of R

一开始我以为是R版本的问题，转眼一想，我从3升到4，主要是为了安装ggplot2，这个就是依赖版本4的，那换镜像，于是重新选择镜像，从Beijing换到了Guangzhou，再安装R包，问题解决。注意，安装ggplot2需要时间会比较长。

参考：https://www.cnblogs.com/shanyr/p/11427876.html

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