单细胞数据库
2022-09-10 本文已影响0人
可能性之兽
HCA：Human cell atlas
人类细胞图谱(HCA)计划，是一项重大国际科学合作计划，旨在全面解码人体所有细胞的类型、数目、位置、相互关联与分子组成等，构建细胞基因表达等高维数学特性的精细图谱，建成人体发育、生理、病例的完善和精细的参照系，最终建立全息生命信息网络。
2、Mouse Cell Atlas & tabula-muris
两个数据库主要基于两篇已发表的文献搭建而成，主要目的是通过网页版的形式展示文章中的结果，并非以收集并存储多种来源的公共单细胞测序数据为目的
3、JingleBells and CancerSEA
JingleBells将单细胞数据划分为免疫和非免疫类，共收录120篇与免疫相关以及182篇非免疫的单细胞文献，且数据库仍在持续更新中。用户在JingleBells上可以直接下载到单细胞数据的BAM文件，但比较可惜的是并非每个数据集的BAM文件都可以下载。
哈尔滨医科大学生物信息科学与技术学院肖云团队开发了CancerSEA，第一个专门解析癌症单细胞状态图谱的数据库。该数据库涉及到25种癌症类型的4,1900个癌症细胞的14个功能状态。用户可以点击主页上的“download”按钮进入下载界面，但是在该界面中用户只能下载到单细胞数据集的功能状态配置文件，而原始测序数据用户必须通过GEO accession进入NCBI中下载。此外，该数据库使用的数据集均为2018年7月份之前发表的数据，并未收录最新的高通量单细胞数据
