曼哈顿图的绘制

在生信分析中，我们都需要借助曼哈顿图来可视化Fst、iHS等选择信号的分析结果，那么，如何绘制曼哈顿图呢？

我们这里使用R语言中的qqman包来实现曼哈顿图的绘制

首先需要在R语言中安装qqman这个包

install.packages('qqman')

绘制之前需要制作一个5列的表格1列为序号 2列为SNP（rs） 3列为染色体 4列为位置（开始位置即可) 5列为Fst，表格第一行名称分别为 空 SNP CHR BP P csv格式保存

library('qqman')
data1 <- read.table("dorper-slow.windowed.weir.csv",header = T,sep = ',') 
color_set <- c("#04047c","#cb8404")
par(cex=0.9)
manhattan(data1,col=color_set, logp  = F,ylab='Fst',suggestiveline = -log10(1e-08) )

##logp一般为F,若为T则y轴取值为-logp值  
##ylim=c(0,7) 可限制y轴的范围   

######常用参数
# suggestiveline  设置"suggestive"线的阈值，默认为-log10(1e-5)，因此如果不想要这个线，可以放大这个值
# genomewideline  设置"genome-wide significant"线的阈值，默认为-log10(5e-8)
# highlight   高亮感兴趣的SNP位点，  snps = c("51157","51158","51159")
# logp    设置是否对Pvalue去log10值
# annotatePval    注释低于指定p-value阈值的位点
# annotateTop 是否只注释低于指定p-value阈值位点中的top hit

############加与y轴相交的虚线  abline(lty = 2 , h = 0.42)