肌肉和内脏脂肪代谢组学与转录组学
们看看脂肪代谢组学和mRNA转录组学分析，文章的谋篇布局。
文献题目：脂质组学和转录组学鉴定德州驴肌内脂肪和内脏脂肪组织的异质性
背景：瘦肉里有脂肪，内脏有脂肪，为什么瘦肉里的脂肪吃起来不那么油腻呢，口感更好，而且更营养，是什么原因，研究一下脂肪的成分。
样本：
处理组：3头驴背最长肌（LDM），脂代谢组和转录组；
对照组：3头驴内脏脂肪组织（VAT），脂代谢组和转录组。
分析结果
1.脂质概况
定性脂质分析实现了IMF和VAT的良好分离(1A、B)，正离子和负离子模式下的OPLS-DA明显分离(SA SB), 在驴LDM和VAT中分别鉴定出1146和1134种脂质，属于18个亚类，主要包括甘油脂质（GLs）、GP和SL（图1C、D），LDM中TGs和二酰甘油（DG）的相对含量显著低于VAT（p<0.001）....(思考：两组代谢组整体质控，分组，说明两组是有差异的，并做了大类脂质初步的比较）
2.脂肪酸的位置分布
TGs中饱和脂肪酸（SFAs）的百分比含量（12:0、14:0、16:0和18:0）在sn-3位置高于sn-1和sn-2位置，而PC和PE中SFAs的百分比含量在sn-1位置更高。此外，LDM中TGs的sn-2和sn-3位置16:0、PC中sn-1和sn-2位置14:0的百分比显著高于VAT（p＜0.001）。相反，PC和PE中LDM的两个位置18:0的百分比明显低于VAT（p＞0.001）（思考，比较两组不同类型的脂质）
3.不同的脂质分子和潜在的脂质标记物
补充图S2所示，110种脂质被鉴定为不同的脂质分子，其中与VAT相比，LDM中有72种下调，38种上调。（思考：做差异分析，找差异的脂质物）
图4A和补充表S2显示了前11种鉴别脂质的受试者工作特性（ROC）曲线和参数，ROC曲线下面积（AUC）为1，特异性为100%，对PC（O-18:2/18:2）、PC（O-18/2/18:1）、PC、PC（32:2）、PC和SM（d36:1）的敏感性为100%。这些潜在的脂质标记物包括5个PC、2个PE、2个PG、1个PI和1个SM，LDM中的归一化强度显著高于VAT，VAT中的归一化密度接近0（图4B–F）。（思考：ROC曲线分析，找标志物）
4.脂质代谢途径
用KEGG途径对110种脂质进行功能富集分析，显示LDM和VAT之间存在显著差异。这揭示了17种主要代谢途径的显著富集，包括花生四烯酸代谢、GP代谢、...（图5A）。胆固醇代谢、脂肪消化吸收...是最相关的代谢途径，如图5B所示。GL和GP代谢如图5C所示。GL代谢引起的DG和TGs在LDM中的表达显著低于VAT（p<0.05），而GP代谢引起的PC、PE、PS、PG和LPE在VAT中的表达明显低于LDM（p<0.05）。(思考，做代谢通路分析，并展示重要代谢通路)
5.脂质代谢途径中的基因表达
共鉴定出578个差异表达基因，其中与VAT相比，LDM中311个下调，267个上调（图6A）。RNA-seq分析显示，与VAT相比，LDM中GL和GP代谢相关基因的表达显著下调，与VAT相比，LDM中的溶血磷脂酰甘油酰基转移酶（LPGAT1）显著上调（图6B），差异表达基因的KEGG富集分析表明，调节GL、GP和鞘脂代谢以及脂肪酸降解的基因富集（图6C）。如图6D所示，使用KEGG途径对GL和GP代谢进行的功能富集分析显示，与VAT相比，LDM中GL代谢相关基因的表达显著降低（p<0.05），而GP代谢相关基因在LDM中的表达显著增加（p<0.05）。（思考：RNAseq分析，找差异基因，代谢通路等）
全文思考：（1）做脂质代谢组学，找二者的差异，（PCA差异，脂质大类差异，代谢物差异，代谢通路的差异，ROC曲线看标志物）；
（2）做了一个代谢组学，找差异的基因，尽量跟代谢物能有些关联。
文献原文
Li M, Zhu M, Chai W, (2021) Determination of the Heterogeneity of Intramuscular Fat and Visceral Adipose Tissue From Dezhou Donkey by Lipidomics and Transcriptomics Profiling. Front. Nutr. 8:746684. doi: 10.3389/fnut.2021.746684
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