旧号无端被封，小号再发一次

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作用

• 用于对齐组织切片图和网格点

• ST analysis generates large amounts of image data; for each sample, a pair of high resolution (30k x 30k pixels) images is created, one bright field image with tissue and faintly visible spots, and one fluorescent image with highly visible array spots.

  
  伪影

工作流程

image.png

启动服务器服务

$ cd /opt/st_spot_detector/server
$ source venv/bin/activate
$ python -m app

打开浏览器输入 IP:8080进入spot Detector界面

image.png

上传图片

• Cy3 fluorescent image
• HE bright field image

• Upload Image

  
  image.png

Image Alignment

image.png

感觉他已经帮我自动对齐了，就不做调整

Spot Adjustment

image.png

• 通过单击“选择组织内的斑点”按钮来自动选择组织边界内的斑点
• 单击“添加斑点”按钮并左键单击应放置的位置来添加缺失的斑点
• change spots assignation by using the "Edit assignments" button

Export the spot values

• Click on the "Data export" tab.

  
  image.png

得到结果文件

image.png image.png

Data conversion and visualization

The script "adjust_matrix_coordinates.py" of the ST Pipeline package can be used to adjust the output of the ST Pipeline (matrix in TSV format)

这将生成一个新矩阵（new_stdata.tsv），然后，可以使用3x3仿射矩阵文件通过ST Viewer，ST Analysis或您自己的脚本将数据绘制到组织图像（HE）上。