22#ANI#FastANI

Jain C, Rodriguez-R LM, Phillippy AM, et al (2018) High throughput ANI analysis of 90K prokaryotic genomes reveals clear species boundaries. Nat Commun 9:5114. https://doi.org/10.1038/s41467-018-07641-9

微生物学的一个基本问题是，基因组之间是否存在遗传多样性的连续性，或者是否存在明确的物种边界。全基因组相似性指标，如平均核苷酸同一性（ANI），通过促进对来自不同系统发育谱系的数千个基因组进行高分辨率分类分析，有助于解决这个问题。为了扩展到可用的基因组和其他基因组，提出了FastANI，是一种使用无对齐近似序列映射估计ANI的新方法。FastANI对完成的基因组和草稿基因组都是准确的，与基于比对的方法相比，FastANI的速度快了三个数量级。我们利用FastANI计算NCBI数据库中所有原核基因组的成对ANI值。我们的结果揭示了明显的遗传不连续性，分析的80亿对基因组中99.8%符合>95%的种内和<83%的种间ANI值。这种不连续性在有或没有最常见的测序物种的情况下都会表现出来，并且对基因组数据库中的历史性添加具有鲁棒性。