【分子模拟对接】HNADOCK

核酸（RNA/DNA）之间的相互作用在许多基本的细胞活动中起着重要作用，例如转录调控，RNA 加工和蛋白质合成。因为结构往往决定了分子的功能，这种核酸-核酸相互作用的结构建模和预测对于理解原子级相关生物过程的分子机制，进而开发针对相互作用的干预性治疗药物或措施也是至关重要的。因为采用实验技术来探究 RNA/DNA 之间相互作用通常是复杂困难且高成本的，因此从核酸序列计算并预测核酸复合体结构并进行分子模拟对接（docking），是目前的有效方式。

今天分享一个，NAR发表的黄胜友教授团队题为《HDOCK：一个基于复合策略的蛋白质-蛋白质和蛋白质-核酸分子对接在线平台》（HDOCK: a web server for protein-protein and protein-DNA/RNA dockingbased on a hybrid strategy）的论文，报道了一种整合自由分子对接和基于模板建模的蛋白质与蛋白质、蛋白质与核酸相互作用结构预测方法，并以在线平台的方式提供给用户。

从流程图来看，HNADOCK 工作流程包括四个阶段：

1、数据输入；

2、同源 RNA 比对搜索；

3、结构建模；

4、基于 FFT 的全局对接；

目前团队提供了两种接口，可以在网站上自己运行，也可以terminal终端运行。可以自行下载（http://hdock.phys.hust.edu.cn/）

====输入====

从工具的要求输入来看：用户提供要对接的两个分子的三维（3D）结构，其中 RNA 接受序列和 PDB 结构文件的输入，。用户还可以选择提供结合位点信息，以及选择是否优化前十个模型。指定结合位点残基可以使预测的模型准确性更高。用户可以提供两种类型的绑定站点信息。

在HNADOCK 中，首先，基于分层 FFT 的全局对接程序 HDOCKlite 用于采集一种核酸相对于另一种核酸的推定结合模式。采用具有 RNA-RNA 相互作用评分功能的 DITScoreRR 软件来评估和排序生成的结合模式。在 RNA-RNA 相互作用预测中，HNADOCK 会将 RNA 间碱基配对信息考虑在内，可显着提高对接准确性。如果用户在提交任务时提供了此类信息，则对接过程还将包含结合位点信息，即施加限制以确保相应的核苷酸位于同一界面上或在一定距离之内。

===运行===

从说明中可以看出，主要包含两步：

 hdock 1CGI_r_b.pdb 1CGI_l_b.pdb -out Hdock.out

 creapl Hdock.out top100.pdb -nmax 100 -complex -models

所以第一步分别输入配体和受体的3D pdb文件。//3D pdb模型我一般是用Alaphfold2跑的。

第二步生成预测的模型。

然后我在PyMOL中进行了显示。

 

 

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