MaxQuant-linux版本使用
2022-12-24 本文已影响0人
可能性之兽
弄完我才知道为何很多人吐槽这个软件的Linux版本很难用，各种报错都是泪呀。大概正确的安装和运行操作如下，很多教程遇到的坑我就不写了。
首先去maxquant的官网去获得maxquant这个软件，点击下载你就要提交一个申请，它会自动发到你邮箱，然后就可以下载
image.png
然后把这个软件分别在window上面一份以及在Linux上面一份
安装环境
如果奇怪我为何用的是mamba而不是conda可以看这个 mamba极速安装conda包
mamba create -n Promaxquant
conda activate Promaxquant
mamba install -y -c conda-forge https://anaconda.org/conda-forge/dotnet/3.1.409/download/linux-64/dotnet-3.1.409-ha770c72_0.tar.bz2
## 需要3.1.1 左右的.net
mamba install -y -c conda-forge maxquant
###其实这个maxquant没有意义，需要的是其中附带的mono
然后使用windows版本生成相应的mqpar.xml 文件，然后最好是手动修改mqpar.xml的路径（虽然它有推荐有相应的命令,在这个youtube视频以及官网上都可以找到），如何用windows版本生成可以参考这个视频
MQSS 2021 | Pre-course: How to run MaxQuant on Linux | Pavel Sinitcyn - YouTube
确认好mqpar.xml的文件路径正确之后，激活相应的conda环境，然后可以运行，需要的是MaxQuantCmd.exe（注意有Cmd这个）
(Promaxquant) [lp@localhost data]$ mono MaxQuant_v2.2.0.0/bin/MaxQuantCmd.exe TestRAW/mqpar.xml
Configuring
Assemble run info
Finish run info
Testing fasta files
Testing raw files
Feature detection
Deisotoping
MS/MS preparation
Calculating peak properties
Combining apl files for first search
Preparing searches
MS/MS first search
Read search results for recalibration
Mass recalibration
Calculating masses
MS/MS preparation for main search
Combining apl files for main search
MS/MS main search
Preparing combined folder
Correcting errors
Reading search engine results
Preparing reverse hits
Finish search engine results
Filter identifications (MS/MS)
Calculating PEP
Copying identifications
Applying FDR
Assembling second peptide MS/MS
Combining second peptide files
Second peptide search
Reading search engine results (SP)
Finish search engine results (SP)
Filtering identifications (SP)
Applying FDR (SP)
Re-quantification
Reporter quantification
Prepare protein assembly
Assembling proteins
Assembling unidentified peptides
Finish protein assembly
Updating identifications
Estimating complexity
Prepare writing tables
Writing tables
Finish writing tables
下面这些命令我不知道有没有用，因为我也是安了，不知道有没有解决其中的依赖，理论上应该不用运行和安装下面的命令
# For CentOS 7:
yum install centos-release-scl
yum install devtoolset-8
scl enable devtoolset-8 -- bash
# Enable the tools (put this into .bash_profile)
source /opt/rh/devtoolset-8/enable
还有一些命令可以参考tc3/maxquant_linux_guide
