ZDOCK-进行蛋白-蛋白分子对接
1. 软件下载
需要教育邮箱，下载连接https://zdock.umassmed.edu/software/
tar -zxvf zdock3.0.2_linux_x64.tar.gz
# 解压即用，已下载在~/programm/zdock/目录中
# ZDOCK 3.0.2版本是最新版本
# 将 export PATH=/home/shims/install/zdock3.0.2_linux_x64:$PATH添加到环境变量中。
2. 准备文件
从pdb数据库下载目标蛋白的.pdb格式的文件,并进行预处理
# 预处理
mark_sur receptor.pdb receptor_m.pdb
mark_sur ligand.pdb ligand_m.pdb
#利用mark_sur命令将下载的pdb文件处理成zdock可使用的文件
# uniCHARMM文件需在当前目录下，可从~/programm/zdock/zdock3.0.2_linux_x64/拷贝
3.分子对接
[命令行运行]https://zlab.umassmed.edu/zdock/how_to_run_zdock.shtml
zdock -R receptor_m.pdb -L ligand_m.pdb -o zdock.out # 输出结果在当前目录的zdock.out文件中
head -15 zdock.out > top10.zdock.out #取前10个进行后续分析
create.pl top10.zdock.out num_preds
# 预测前十个complex, create_lig文件需在当前目录下。num_preds参数指定预测前多少个
# -o是输出文件夹
4. 导入pymol进行可视化
上述输出的complex可利用pymol进行可视化
[pymol教学]https://www.bilibili.com/video/BV1fa4y1s7e6/?spm_id_from=333.788.recommend_more_video.1&vd_source=2530fee38a2e3828d07aaa316ccd75b9
利用pymol打开zdock对接的complex，进行可视化，同时打开 InterfaceResidues的python文件可以找到蛋白-蛋白对接的界面，视频教程https://www.bilibili.com/video/BV1tZ4y137VB/?spm_id_from=333.337.search-card.all.click&vd_source=2530fee38a2e3828d07aaa316ccd75b9 #命令 interfaceResidue 1hwg, chain A, chain B
结果解读
ZDOCK分子对接之后的输出文件解读
ZDOCK分子对接之后会将所有的信息打印到用户指定的文件中，如通过命令行：zdock -R receptor_m.pdb -L ligand_m.pdb -o zdock.out就会将所有的打印输出信息到文件zdock.out。输出文件通过zdock命令的-o参数设定。
128 1.2 0
-3.141593 1.450119 -2.739050
0.000000 0.000000 0.000000
receptor_m.pdb -38.481 1.151 -26.315
ligand_m.pdb -27.379 38.575 4.226
第一行是ZDOCK在进行分子对接过程中使用的最大NxNxN格点数目（128）。空间格点之间的空间间距（1.2Å），一般情况下都是1.2Å的值。接下来就是在zdock对接过程中将保持刚性的分子，0表示受体分子刚性，1表示配体分子刚性。
第二行是受体分子的初始Euler角度旋转参数。
第三行是配体分子的初始Euler角度旋转参数。该参数可以通过zdock命令的-S参数来设定。
第四行是受体分子文件名称，可以根据zdock命令的-R参数来设定。接着的是受体分子相对于中心来的位置参数。
第五行是配体分子的文件名称，可以根据zdock命令的-L参数来设定。接着是配体分子相对于中心的位置参数。
在前面的五行头文件信息之后的每一行都是配体分子相对于初始位置的旋转和平移位置。
0.261799 1.506530 1.988858 120 16 6 1101.029
每行的前三个数字是配体分子相对于初始位置的Euler角度的旋转。
接下来的三个数字是配体分子相对于初始位置的平移情况，使用空间格点空间来描述。
最后一列数字是当前结构的ZDOCK打分。这个打分一般情况下是从最高分到最低分排序的。
在ZDOCK的结果文件中没有具体的复合物的结构，当使用creat.pl脚本提取复合物结构的时候，会从上一次提取结构，如第六行对应第一个复合物结构，第七行对于第二个复合物结构等。每个复合物的结构都根据Euler角度旋转和格点空间的平移来构建复合物结构。
参考连接https://blog.sina.com.cn/s/blog_15d0344a30102xeh8.html
