GWAS分析（R包GAPIT）之三（计算运行）

计算的部分相对比较简单，直接选用合适的模型即可。

library(GAPIT)

myY <- read.table("mdp_traits.txt", head = TRUE)

myGD <- read.table("mdp_numeric.txt",head=T)

myGM <- read.table("mdp_SNP_information.txt",head=T)

myGAPIT <- GAPIT(

Y=myY,

GD=myGD,

GM=myGM,

PCA.total=3,

Multiple_analysis=TRUE,

model=c("GLM","MLM","MLMM","FarmCPU","Blink")

)

# 只选用 GLM 和 MLM 模型计算；

myGAPIT <- GAPIT(

Y=myY,

GD=myGD,

GM=myGM,

PCA.total=3,

Multiple_analysis=TRUE,

model=c("GLM","MLM")

)