第一天

2018-06-28 本文已影响0人医学小咖成长之路

GUI：图形用户界面

今天任务：

使用R和Rstudio运行R命令

console：控制面板

键入的代码称为命令，所在的行称为命令行。[1]表示返回结果中每一行第一个值在所有返回结果中的序号。

命令行中对的冒号（：）运算符表示返回结果中的所有整数，可以快速得到数列。返回值为向量，也就是一维数组（有序的元素序列）

+表示键入的命令不完整，R等待继续键入命令，或者按Esc重新键入。

R不能识别该命令，出现报错。

#是注释符号，R执行命令的过程中会忽视以#开头的命令行。

取消命令：按ctrl+c可以临时终止正在运行的程序。

创建R对象

一组数据包含的元素很多，数据之间计算式如果每次键入数据元素就太麻烦了，于是就要给一组数据起个名字，数据之间计算的时候键入名字就可以了，起的名字成为对象。

创建R对象时，先起一个名字，然后用赋值符号 <- 将数据储存到对象里面

例如上图，将2+4起个名字叫a，a就代表了2+4，因此a+1就等于7

每一个创建的对象都会显示在Rstudio的环境面板上

R对象的命名原则：1、不要以数字开头；2、不要出现特殊符号

R中是要区分大小写的A和a代表不同的对象

如果对象名相同，那么后命名的对象会直接覆盖之前的对象，R不会给出提醒，所以要慎重不要起相同的名字，不然之前的数据就被覆盖了。如果拿不准名字是否冲突，就使用ls（）命令，查看所有已经命名了的对象，如下图，或者在Rstudio的环境面板中查看。

R使用元素方式执行，当数个向量之间进行运算时，R是将向量之间对应相同序列的元素进行计算，如下图：

当一个向量的元素少于另一个向量元素时，就将短向量从头循环，再依次与长向量的对应元素进行运算，如下图（1：长向量元素为短向量元素整数倍；2：长向量元素不是短向量元素整数倍）：

编写自己的R函数和脚本

函数（function）使用方法：键入函数名，然后在括号中键入数据，键入的数据成为参数，参数可以是原始数据、R对象、或者另一个R函数的返回结果。

如上图先对对象a取平均值（median），然后对平均值取四舍五入（round）。使用函数嵌套时，R从最里层向最外层进行运算。

R函数的括号中可以设定多个参数，如上图：sample是抽样函数，x表示抽样的对象，size表示抽样的个数，replace=FALSE表示不可放回抽样；replace=TRUE表示可放回抽样。sample（x=a,size=2）就表示从对象a中随机抽取两个元素。参数之间用逗号隔开，键入代码时最好键入参数名称（x, size），这样有利于自己查错。如果想要查看一个函数的参数，可以通过args函数，如下图

上图中round函数的参数digits为可选参数，R默认为0，表示四舍五入到小数点后0位，如果改成2就表示四舍五入到小数点后2位。其它函数中也存在digits这样的可选参数，如果不明确赋值，R就会使用其默认值。

创建新函数：创建新函数和创建新对象一样，起个名字，然后键入一些列的代码。

一个函数包括三个部分：函数名、程序主体、参数集合。

构建新函数所需要函数function（）并在其后加一对{}，{}内的内容成为函数的主体。如创建R对象a<-1:50，从中随机抽取5个元素：sample（x=a,size=5,replace=TRUE）,自定义一个函数能够每次随机从1到50个整数之间随机抽取5个数：

c<-function（）{a<-1:50

sample（x=a,size=5,replace=TRUE）}

这里自定义的函数c就完成了，以后每次键入c（），R就会自动从1到50个整数中随机抽取5个。自定义过程中有三个注意事项：1、如果创建对象b<- sample（x=a,size=5,replace=TRUE），以后每次键入b，返回的结果都是一组特定的5个数字，也就是b的值每次都恒定，就随机抽一次；但如果不创建对象，以后每次键入sample（x=a,size=5,replace=TRUE），得到的是随机抽取的5个数字，每次都随机抽取。

2、在自定义函数时，先键入function（）{，在{后键入代码，每次结束后按回车跳入下一行，直到最后键入所有代码后，再键入}

3、每次使用自定义的函数时需加入（），如果只是键入c，R仅仅显示这个函数储存的代码，键入c（）则会运行这个函数储存的代码。函数最终显示的是最后一行代码返回的结果。

如何设置函数的参数

c<-function（a）{ sample（x=a,size=5,replace=TRUE）}

上式中，a即为c（）的参数，每次计算式可以给a赋予不同的值，如从c（a=1:10）

，如果没有给a赋值，程序运行就会报错。出了每次给a赋值外，也可以给a设定默认值，如果不指定新值，那么就按照默认值计算：c<-function（a=1:10）{ sample（x=a,size=5,replace=TRUE）}

创建R脚本

在console面板编写程序时，一旦前面的代码出了错，想要修正就只能从头将代码打一遍。而脚本可以将R代码保存为纯文本文件，编辑起来非常方便。点击Rstudio右上角的加号，选择R Script即可创建新的脚本。在菜单栏选择Tools-Golbal Options可以设置Rstudio的默认工作路径。点击Run可以运行光标所在行的代码，点击Source可以运行全部代码。

利用Rstuidio来创建函数

将想要转换为函数的代码选中，点击Code-extract function，按照提示键入名字即可，因为Rstudio提取函数的时候不会提示错误，所以函数创建好后，最后检验一遍。

加载并使用R包

安装R包：install.packages(“包名称”），如果同时安装多个包可以用连接函数c：install.packages(c（“包1”，“包2”，“包3”））.

调用包：library（包名称）。这里要注意，安装时包名称要带双引号，而调用时用不用引号都可以。

R包安装一次后，每次打开R都可以用，但每次都需要通过library重新加载。

快速制图

一、绘制散点图

安装工具包：ggplot2

可以通过命令安装，也可以在Rstudio上安装：右下方packages-install选择安装

加载程序包

可以通过命令行加载，也可以在Rstudio上点击加载：右下方packages选项栏，勾选ggplot2。绘图过程如图：

二、绘制直方图

将ggplot2参数稍作一下修改就可以绘制直方图，这里边用到了binwidth，我现在还没弄明白binwidth的用法。

x3<-c(0,1,1,2,2,2,3,3,4)

qplot(x=x3,binwidth=1)

使用内置的帮助选项

对一个函数无从下手怎么办？如何获得函数帮助信息

键入？函数名，在Rstudio右下方的Help选项可以查看帮助

函数帮助页面的组成部分：

函数描述：函数功能介绍

使用方法：如何键入函数和参数名

参数（Arguments）：参数的赋值类型及在函数中的作用

相关细节（Details）：工作原理和可能的注意事项

返回值（Values）：函数运行后的返回结果

代码示例：实例演示，更容易理解

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