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R语言之可视化①误差棒

R语言之可视化②点图

R语言之可视化③点图续

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正文

主要内容：

• 准备数据
• 基本点图
• 在点图上添加摘要统计信息
• 添加平均值和中位数
• 带有盒子图和小提琴图的点图
• 添加平均值和标准差
• 按组更改点图颜色
• 更改图例位置
• 更改图例中项目的顺序
• 具有多个组的点图
• 定制的点图
• 相关信息

第一步：准备数据，使用的数据包括三列，len长度，supp是分类变量，dose是0.5mg,1mg和2mg三个变量。

> # Convert the variable dose from a numeric to a factor variable
> ToothGrowth$dose <- as.factor(ToothGrowth$dose)
> head(ToothGrowth)
   len supp dose
1  4.2   VC  0.5
2 11.5   VC  0.5
3  7.3   VC  0.5
4  5.8   VC  0.5
5  6.4   VC  0.5
6 10.0   VC  0.5

第二步：绘制最基础的点图，然后修改点的大小，然后翻转X，Y轴

library(ggplot2)
# Basic dot plot
p<-ggplot(ToothGrowth, aes(x=dose, y=len)) + 
  geom_dotplot(binaxis='y', stackdir='center')
p
# Change dotsize and stack ratio
ggplot(ToothGrowth, aes(x=dose, y=len)) + 
  geom_dotplot(binaxis='y', stackdir='center',
               stackratio=1.5, dotsize=1.2)
# Rotate the dot plot
p + coord_flip()

设置仅显示dose为0.5mg和2mg两个分组的点图

p + scale_x_discrete(limits=c("0.5", "2"))

第三步：在点图上添加摘要统计信息，使用函数stat_summary（）可用于向点图中添加均值/中值点等。

# dot plot with mean points
p + stat_summary(fun.y=mean, geom="point", shape=18,
                 size=3, color="red")
# dot plot with median points
p + stat_summary(fun.y=median, geom="point", shape=18,
                 size=3, color="red")

第四步：添加箱图

# Add basic box plot
ggplot(ToothGrowth, aes(x=dose, y=len)) + 
  geom_boxplot()+
  geom_dotplot(binaxis='y', stackdir='center')
# Add notched box plot
ggplot(ToothGrowth, aes(x=dose, y=len)) + 
  geom_boxplot(notch = TRUE)+
  geom_dotplot(binaxis='y', stackdir='center')
# Add violin plot
ggplot(ToothGrowth, aes(x=dose, y=len)) + 
  geom_violin(trim = FALSE)+
  geom_dotplot(binaxis='y', stackdir='center')

第六步：添加平均值和标准差，使用函数mean_sdl。 mean_sdl计算平均值加上或减去常数乘以标准差。在下面的R代码中，使用参数mult（mult = 1）指定常量。 默认情况下，mult = 2。平均值+/- SD可以添加为交叉开关或点范围：

p <- ggplot(ToothGrowth, aes(x=dose, y=len)) + 
  geom_dotplot(binaxis='y', stackdir='center')
p + stat_summary(fun.data="mean_sdl", fun.args = list(mult=1), 
                 geom="crossbar", width=0.5)
p + stat_summary(fun.data=mean_sdl, fun.args = list(mult=1), 
                 geom="pointrange", color="red")

第七步：按组更改点图颜色，在下面的R代码中，点图的填充颜色由剂量水平自动控制：

# Use single fill color
ggplot(ToothGrowth, aes(x=dose, y=len)) + 
  geom_dotplot(binaxis='y', stackdir='center', fill="#FFAAD4")
# Change dot plot colors by groups
p<-ggplot(ToothGrowth, aes(x=dose, y=len, fill=dose)) +
  geom_dotplot(binaxis='y', stackdir='center')
p

也可以使用以下功能手动更改点图颜色：

• scale_fill_manual（）：使用自定义颜色
• scale_fill_brewer（）：使用RColorBrewer包中的调色板
• scale_fill_grey（）：使用灰色调色板

# Use custom color palettes
p+scale_fill_manual(values=c("#999999", "#E69F00", "#56B4E9"))
# Use brewer color palettes
p+scale_fill_brewer(palette="Dark2")
# Use grey scale
p + scale_fill_grey() + theme_classic()

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