2023-04-21提取fasta文件中的LOC开头的id
2023-04-21 本文已影响0人
麦冬花儿
目的：提取fasta文件id中的‘LOC107408734’
NM_001323852.1 polyphenol oxidase, chloroplastic-like (LOC107408734), mRNA
grep ">" file.fa | sed 's/.*\((LOC.*\)/\1/g' | cut -d '(' -f2|cut -d ')' -f1 > locid.txt
#grep ">" file.fa 提取所有id
#sed 's/.*\((LOC.*\)/\1/g' 删除‘（LOC.....）’前的所有的字符
#cut -d '(' -f2|cut -d ')' -f1 保留‘（LOC.....）’中括号里的内容
