cMAP新版clue的使用——List Marker

2020-05-28 本文已影响0人 Clariom

之前在Connectivity Map(cMap)的探索应用（二）中提到了两种cmap在线分析网站，一个是build2 ；另一个是CLUE平台。bulid2在cMAP在线分析——旧版build2的使用那期已经讲解过，今天就来简单介绍下CLUE平台的使用！由于CLUE平台的功能很多，会分多期讲解，today咱们就从最基础的List Marker开始吧！

cMAP新版clue在线分析，网站： https://clue.io/。

clue的主工具区（Tools）

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今天主要介绍ListMarker，该工具主要用于构建signature。

List Marker实际操作

Listmaker允许用户创建可以在整个CLUE站点中使用的列表。列表可以是：小分子，基因，signature，药物剂量等。要创建列表，请单击add，

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出现如下界面，可以拖入要加载的文件，或输入自由文本。注意：如果要上传GMT文件，则必须从此处开始。（Gmt格式后行为signature名称，列为基因名称，和GSEA中的gmt格式的基因集一样的格式。）

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在此之前需要提前准备好基因的输入文本，输入数据格式可以是txt、tsv、grp、gmt等格式。

txt：这个最简单，新建txt文本，将基因信息拷贝进去，保存即可。
tsv：在txt文本基础上，打开，另存为—保存文件选择“所有文件”，然后在文件名后添加.tsv，最后保存即可。
grp：新建一个excel表格，将基因信息复制进去。然后另存为，从出现的对话框的“另存为类型：”下拉列表中选择文本（制表符分隔）（* .txt）。在文件名的文本框中键入filename.grp，然后单击保存即可。
gmt：以上txt、tsv、grp文件的基因排版都是一个基因占一行，而gmt格式如下：第1列singature的名称，第2列为描述列，无的话填写na即可。从第3列开始是基因名称。

备注：txt、tsv、grp等格式类型往往用于单一signature的构建，一次只能构建一个。gmt格式便于多组signature的构建，一次可以构建多个signature。

关键点：基因名称必须是Entrez ID或者是HUGO symbol，其他命名方式网站不识别。因此，在构建在构建基因list之前，核实基因名称，若不是相应格式，需要先转换。

依次导入signature list

这里以txt文本为输入格式，将制作好的mygene_up.txt文本（输入数据格式可以是txt、tsv、grp、gmx或gmt格式）拖入其中，进入如下界面，填写相应信息，包括list的collection、名称，类型，描述等。最后点击创建。

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之后自动返回到ListMaker主页，会发现mygene_up创建成功。mygene_down.txt按照如上流程再次创建。如下图可见，构建有两个基因list，mygene_up和mygene_down。

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批量导入signature list

当需要分析的signature比较多时，每个signature要先做成txt/tsv/grp等格式，然年再依次导入，十分麻烦和费时间。这时候可以借用gmt这类格式文件，批量导入需要分析的signature，格式如下：

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准备好gmt格式文件后，导入网站，完善信息，然后创建lists。

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之后自动返回到ListMaker主页，会发现gmt文件中的四组signature都创建成功。

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基因list创建完成以后，若想修改，可点击要修改的list，在右侧会弹出修改框，点击

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然后，进入修改页面，可修改部分包括1. 基因list所属的collection；2.基因list的名称，3. 基因list的类型；4. 基因list的描述，修改完成以后，点击save changes即可。

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最终说明

这里要说明的是collection，它代表基因list属于某个更大层级的集合，这一步在后期query 过程中会有用处。

在query过程中采用参数individual query时，没有collection之分的signature
在query过程中采用参数batch query时，将up_signature归为一个collection；down_signature归为另一个collection。而正常情况下，up_signature和down_signature是成对出现，为后期便于进行batch query分析，在命名上要注意配对，例如LUNG_50_UP和LUNG_50_DN.
比如：将gmt文件导入的那四组基因list，通过定义collection, 分别归入cancer_up和cancer_down两个collections。为后期使用的正确性，基因list的命名也要严格按照要求。