病毒进化树构建

第一步：

整理序列，将序列着整理成fasta格式

第二步：

将整理后的序列进行多重比对，这里使用mafft，mafft速度很快

具体使用请看这篇博文

https://www.plob.org/article/7930.html

第三步：

比对后的序列输出为fasta格式，把他导入到clustal x 中查看，发现有很多gap,所以需要删掉各种gap

第四步：

删除掉gap,这里使用Gblock软件

删除后的序列

参考这篇博文的介绍

http://blog.sciencenet.cn/blog-460481-956770.html

命令：

Gblocks proteins.fasta -t=p　#默认是蛋白序列，-t=p说明是核酸序列

第五步：

处理过后的fa要转成phylip格式

：

PhyML 建树：

详见：https://www.plob.org/article/9891.html

第六步：

使用evolview构建进化树

http://www.evolgenius.info/