统计fastq文件read长度及read平均长度

转录组分析使用stringtie定量后，如果使用DESeq2进行下游分析，需要使用prepDE.py生成read counts矩阵，prepDE.py需要fastq文件的read平均长度，可用以下脚本实现。

运行方式：

sh fastq_average_read_length.sh /home/user/fastq_dir   （fastq文件路径）

脚本内容：

#!/bin/bash

P=${1}

ls ${P} | grep "_paired_fastq.gz" | less > ${P}/fastq_paired_list.txt

for i in $(cat "${P}/fastq_paired_list.txt") ; do

zcat ${P}/${i} | awk  '{if(NR%4==2) print length($1)}'| awk -v i="${i}" '{sum+=$1} END {print i, sum/NR}' ;

done > fastq_average_length.txt

cat fastq_average_length.txt | awk '{sum+=$2} END {print "samples_average", sum/NR}' | less >> fastq_average_length.txt

sed -i "1ifastq average_read_length" fastq_average_length.txt