微刊：三代16S多样性文献导读

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Cell Rep

译名：单基因长序列测序阐明了大肠杆菌菌株在人类肠道菌群中的动态

时间：2022-1-11

期刊：Cell Reports 

影响因子：8.109

DOI：10.1016/j.celrep.2021.110239

肠道微生物与宿主健康和疾病密切关系，细菌基因组成经常变化，导致种内的功能也会存在差异，因此需要比物种水平更高的分辨率来实现生态学和临床的关联研究。该文献通过利用细菌鞭毛蛋白基因的三代测序标记，在所选物种中以高分辨率鉴定菌株。选择针对大肠杆菌的人类饮食试验粪便样本做验证：在16个个体的119个样本中，共有1532个ASV，尽管优势菌株各不相同，但有32个ASV在个别样本中占优势。另外，发现肠道中的主要菌株通常伴有大量卫星菌株，其中一些被确定为潜在的肠外病原体。该实验方案可用于追踪流行病或调查病原体的宿主内或宿主间的多样性。

FEMS Microbiol Ecol

译名：用琼脂梯度柱追踪淡水沉积物中的远距离电子传递和电缆细菌

时间：2022-5-6

期刊：FEMS Microbiology Ecology

影响因子：3.675

DOI：10.1093/femsec/fiac042

在自然环境中，微生物参与的硫化物氧化过程是地球硫元素循环的重要组成部分，然而在多数情况下，硫化物形成于海滨等沉积物下层，而氧气等电子受体位于表层，微生物如何解决其所需的电子供体和受体不在同一空间位置的问题尚不清楚。近期研究发现，电缆细菌（Cable bacteria ,CB)通过生电硫氧化（electrogenic sulfur oxidation,e-SOx）过程将空间分离的硫氧化反应和氧气还原反应耦合起来，完美地解决了上述问题。本研究引入了一种新的“琼脂柱”方法来选择性地富集和调查了来自河床、硫化物湖和碳氢化合物污染含水层的淡水沉积物。通过PacBio近全长16S rRNA基因扩增子测序，对沉积物和琼脂柱中的细菌群落进行了深入分析，从而可以对检测到的分类群进行精确的系统发育定位。地表水沉积物中定殖了大量电线假丝酵母相关的CB，包括多个潜在的新物种。CB的存在似乎与共富集发酵有关，暗示了e-SOx种群作为异养微生物电子供体的可能。这些发现有助于对淡水系统中CB多样性和生态的理解。琼脂柱法提供了一种新的策略，可以促进氧化还原梯度依赖性微生物的培养，包括识别新的CB种群。

Mar Biotechnol

译名：正常草鱼组织特异性黏膜微生物组的异质性。

时间：2022-4-24

期刊：Marine Biotechnology

影响因子：2.798

DOI：10.1007/s10126-022-10113-3

微生物群在草鱼（ctenopharyngodonidella）的消化、代谢和免疫中起着关键作用。本文首次基于PacBio平台对草鱼肠道内容物（IC）、皮肤粘液（SM）、口腔粘膜（OM）和鳃粘膜（GM）的正常微生物群以及养殖池侧壁（SW）的微生物群进行了测序分析。共划分出20门、38纲、130科、219属、291种。其中104种常见分类物种可能是草鱼的核心微生物群。变形杆菌、拟杆菌和蓝藻是草鱼生态位中的优势门。变形菌和类杆菌在SM、GM和OM的分类组成中占主导地位，而变形菌、扁平菌和蓝藻在IC和SW组中占主导地位。IC的微生物群表现出较高的α多样性指数。SM、GM和OM的微生物组成相似，但与IC和SW有显著差异，而IC与SW由于其共同的蓝藻而具有相似性（P < 0.05）。生态位特异性和差异丰富的微生物也反映了差异。IC和SM中与细胞周期控制、细胞分裂、信号转导机制、细胞内运输等基因表达显著提高。这项工作对于了解鱼—微生物的共存体系，尤其是草鱼不同生态位的共存体系具有重要价值。