Clonal Relatedness and Mutationa
今天没大家介绍一篇文章，这篇文章发表在clinical cancer research 上。 下图中我们可以看到这个杂志这几年来的影响因子的波动变化。
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首先我们看下这篇文章的通讯作者：
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这篇文章的通讯作者来自，纪念斯隆·凯特琳癌症中心，位于美国纽约。 大卫·b·索利特(David B. Solit)博士是纽约的一名肿瘤学家，隶属于一家医院。他已经行医20多年了。
Abstract：
目的：
为了研究上尿路上皮癌（UTUC）和膀胱癌的（UCB）的区别，重点是关注不同肿瘤间的克隆相关性。
实验设计：
我们用target 下一代在测序的方法分别去测了肿瘤和匹配的germline DNA。这个种群包括195个UTUC病人和454个UCB病人。 对于一个具有29个UTUC，后续又患有UCB的病人亚群，所有的肿瘤被分析去评估他们的克隆关系。
结果：
随着发展到更高级的UTUC，相比较UTB，UTUC中具有更少的RTK/RAS patway突变的改变，更多的TP53/MDM2的改变。相比较UCB，TP53，RB1和ERBB2在UTUC中突变的较少。然而FGFR3和HRAS更加频繁的改变。 基于对肿瘤突变burdern，MSIsensor 得分和突变signauture的整合分析， 7.2%的UTUC肿瘤被分成MSI-high/MMR-deficient (MSI-H/ dMMR) 。在UTUC后膀胱癌的复发显著的与FGFR3，KDM6A，CCND1和TP53有关。 通过比较同一个病人的UTUC和UCB都支持了他们之间克隆的相关性。
总结：
UTUC和UCB在基因组改变的频度上展示了显著的不同。在一个具有两种肿瘤的个体，UCB和UTUC经常是克隆相关的。UTUC的基因组特征提供了膀胱癌复发的风险信息，可以找到与lynch 综合征有关的肿瘤。
Introduction：
尿路上皮癌是美国第六大常见的癌症类型。膀胱癌的尿路上皮癌占据了占据了大部分尿路上皮癌，然而上尿路UCs (UTUC)明显较少，占据了5%到10%的UCs。 尽管UCB和UTUC产生于尿路上皮，具有相似的组织结构，但是他们具有不同的临床特征。UTUC是独特的和几个环境的风险因素有关。 患有UTUC的病人更多的患有lych综合征。
由于相比较UCB，UTUC比较少见。大部分临床和生物学研究聚焦在膀胱癌，而由结果和临床应用的结果去推测到UTUC。 到目前为止， 已经用NGS测序去检测少量的UTUC，关于UCs的TCGA的研究排除了UTUC病人。然而，小型回顾性病例系列表明，UCB和UTUC之间的致癌驱动基因突变患病率存在差异 。
在这篇文章中，我们利用一项前瞻性的分子特征研究来探索肿瘤的潜在临床用途，UTUC患者的基因组特征，特别是他可以指导其临床管理并且鉴别诊断肿瘤患者是否会患有lynch综合征。我们特别感兴趣的是确定临床特征的差异是否可以反映了UTUC和UCB之间基因驱动谱的差异。此外，由于UTUC和UCB通常在个体患者中同时发生，我们试图解决该领域中持续存在的争议，即个体患者中出现的暂时性不同的肿瘤是克隆相关的复发还是代表不同的原发肿瘤。
Materials and Methods
研究的样本
所有参加的病人写了知情同意书，这项研究是根据涉及人体的生物医学研究的国际伦理准则、良好临床实践准则、赫尔辛基宣言和地方法律进行的，并得到机构审查委员会的批准。总共，使用靶向NGS平台(mk - impact;补充方法;参考文献。13、14)。委员会认证的泌尿生殖病理学家(H. Al-Ahmadie)审查了每个肿瘤的HE切片，以确定分级、分期和尿路上皮组织学。在复查标本中以组织学变异为主的患者被排除在外。为了进行比较分析，我们使用了454例UCB患者队列(包括102例既往研究的UCB样本，参考文献11)，这些患者没有既往病史，并在本中心进行了类似的MSK-IMPACT分析。对于29例有后续UCB病史的患者，我们分析了这两种肿瘤以确定其克隆关系。
统计分析
我们利用卡方和Fisher tests 去定义临床和分类变量间的显著差异。 并用Wilcoxon和Kruskal wallis 检验做连续变量的分析。肿瘤突变负担被调整，以考虑用于个体患者的MSK-IMPACT版本中包含的基因数量(从230个到468个;补充表S1)。为了确定等位基因构型，使用facet (version 0.5.6;ref。15)。微卫星不稳定性采用msissensor算法(版本0.2;ref。16)。为了检测肿瘤的克隆相关性，我们使用了体细胞突变数据，包括沉默突变(17)。q值用来表示用Bonferroni方法控制错误发现率进行多次比较调整后的P值。P值<0.05为有统计学意义。使用R v.3.4.3 (https://cran.r-project.org)进行分析。
