圈图初探

最近可能会用到圈图，学习一下用R语言的circlize包绘制圈图的方法，通过help（package="circlize"）查看帮助文档看起来还有些吃力，还是按照原来的方法 先找一份能够输出完整结果的教程，不管懂不懂代码，先重复完完整的流程再说

本次练习的代码和数据merge_multiple_file.rar_免费高速下载|百度网盘-分享无限制

第一份教程#123 Circular plot – circlize package (2) – The R Graph Gallery

结果是这样式的

#安装加载

install.packages("circlize")

library(circlize)

#准备数据

name=c(3,10,10,3,6,7,8,3,6,1,2,2,6,10,2,3,3,10,4,5,9,10)

feature<-paste("feature",c(1,1,2,2,2,2,2,3,3,3,3,3,3,3,4,4,4,4,5,5,5,5),sep="")

dat<-data.frame(name,feature)

dat<-with(dat,table(name,feature))

#一条命令出图

chordDiagram(as.data.frame(dat),transparency=0.5)

颜色好像不太好看，那么问题就来了：1）如何更改配色呢？2）如何让文字也带上弧度呢？下一份教程应该可以解决这个问题，比较一下两份教程之间代码的差异应该可以找出更改配色和让文字带上弧度的代码。（学英语学英语 chord 弦 ）

第二份教程plot - R make circle/chord diagram with circlize from dataframe - Stack Overflow

看上去还挺漂亮的

#准备数据

mat<-matrix(1:18,3,6)

rownames(mat)<-paste0("S",1:3)

colnames(mat)<-paste0("E",1:6)

rn<-rownames(mat)

cn<-colnames(mat)

factors<-c(rn,cn)

factors<-factor(factors,levels=factors)

col_sum<-apply(mat,2,sum)

col_sum

row_sum<-apply(mat,1,sum)

row_sum

xlim<-cbind(rep(0,length(factors)),c(row_sum,col_sum))

#绘图

circos.par(cell.padding=c(0,0,0,0))

circos.initialize(factors=factors,xlim=xlim)

circos.trackPlotRegion(factors=factors,ylim=c(0,1),bg.border=NA,

                      bg.col=c("red","green","blue",rep("grey",6)),

                      track.height=0.05,

                      panel.fun=function(x,y){

                        sector.name=get.cell.meta.data("sector.index")

                        xlim=get.cell.meta.data("xlim")

                        circos.text(mean(xlim),1.5,sector.name,adj=c(0.5,0))

                      })

col<-c("#FF000020","#00FF0020","#0000FF20")

for(i in seq_len(nrow(mat))){

  for(j in seq_len(ncol(mat))){

    circos.link(rn[i],c(sum(mat[i,seq_len(j-1)]),sum(mat[i,seq_len(j)])),

                cn[j],c(sum(mat[seq_len(i-1),j]),sum(mat[seq_len(i),j])),

                col=col[i],border="white")

  }

}

circos.clear()

这份教程代码很长，而且代码中涉及到了for循环，还是有些难理解，for循环这块自己应该抽时间仔细学习一下，不过重复一遍还是有收获的，现在基本能够结合circlize帮助文档简单的画出自己想要的结果

首先用 circos.initialize(factors=factors,xlim=c(0,10)) 命令初始画布

然后 circos.track(factors=factors,ylim=c(0,1),bg.col="grey",bg.border=NA,track.height=0.05) 画出弧

factors参数设置想要画几段弧，xlim参数设置弧的长度，ylim参数设置弧的宽度，bg.border设置弧的边框，bg.col设置弧的颜色，track.height参数目前还不太清楚是什么作用，比如我要画五段弧，颜色灰色，弧没有边框

factors<-paste0("scaffold",1:5)

circos.initialize(factors=factors,xlim=c(0,10))

circos.track(factors=factors,ylim=c(0,1),bg.col="grey",bg.border=NA,track.height=0.05)

结果就是这样似的

然后可以添加一些文字，点或者相互连接的条带，分别用circos.text(),circos.points(),circos.link()函数

circos.text(sector.index="scaffold1",x=5,y=-5,"scaffold1")

circos.link("scaffold2",c(1,5),"scaffold4",c(4,6),col="#FF000020")

circos.points(sector.index="scaffold5",x=1,y=-5,bg="red",cex=5,pch=16,col="red")

结果

最后用circos.clear()函数结束本次绘图！

PS:还是不知掉如何让添加的文字带有弧度；第二份教程还有两幅图非常漂亮，抽时间重复其代码！！！希望可以找到给文字添加弧度的答案！