1.数据下载

下载流程之前写过，参考就可以。知道GSE号如何从GEO下载sra数据 - 简书 (jianshu.com)

下载之后批量改名字，这里用的是八个样本，处理组和用dex处理组，其它的没用到

cd ../scripts
cat > rename.sh
mv SRR1039508.sra 1_untreated.sra
mv SRR1039509.sra 1_Dex.sra
mv SRR1039512.sra 2_untreated.sra
mv  SRR1039513.sra 2_Dex.sra
mv SRR1039516.sra 3_untreated.sra
mv SRR1039517.sra 3_Dex.sra
mv SRR1039520.sra 4_untreated.sra
mv SRR1039521.sra 4_Dex.sra
sh ../scripts/rename.sh

image.png

2.将SRA格式转换为fastq格式

参考之前写的文章，按照那个脚本就可以。将sra文件转为fastq格式文件 - 简书 (jianshu.com)

3.原始文件质控

mkdir fastqc
fastqc --outdir fastqc  --threads 16 *.fastq.gz
cd fastqc
multiqc *zip#将质控结果整合

质控结果，结果还不错，其实下载的原数据就是文章已经处理过的，后面就没有再去接头二十直接比对到基因组上

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%Dups——重复reads的比例
%GC——GC含量占总碱基的比例，比例越小越好
Length——测序长度
M Seqs——总测序量（单位：millions）

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