HMMER软件在基因家族成员挖掘分析过程中具有重要作用。

本文将从HMMER软件的下载与安装、并结合一个实际例子对该软件的运用进行一个简单的介绍。

本文所用的电脑环境为Ubuntu 16.04版本

第一步软件下载与安装

采用Wget 的方法进行下载

wget http://eddylab.org/software/hmmer/hmmer.tar.gz

将下载好的压缩包进行解压

tar zxvf hmmer.tar.gz  

然后ls命令检查软件是否解压
得到结果为

yeyuntian@yeyuntian-rescuer-r720-15ikbn:~/CYPdata$ ls
hmmer-3.2.1  hmmer.tar.gz

然后进入这个文件夹后查看文件内容

yeyuntian@yeyuntian-rescuer-r720-15ikbn:~/CYPdata/hmmer-3.2.1$ ll
total 1036
drwxr-xr-x 10 yeyuntian yeyuntian   4096 7月  17 20:35 ./
drwxrwxr-x  3 yeyuntian yeyuntian   4096 7月  17 20:40 ../
-rw-r--r--  1 yeyuntian yeyuntian  44166 6月  13 22:39 config.guess
-rw-r--r--  1 yeyuntian yeyuntian  36141 6月  13 22:39 config.sub
-rwxr-xr-x  1 yeyuntian yeyuntian 249809 6月  13 22:50 configure*
-rw-r--r--  1 yeyuntian yeyuntian  24122 6月  13 22:39 configure.ac
drwxr-xr-x  4 yeyuntian yeyuntian   4096 7月  17 20:34 documentation/
drwxr-xr-x 10 yeyuntian yeyuntian  12288 7月  17 20:34 easel/
-rw-r--r--  1 yeyuntian yeyuntian 605080 6月  13 22:51 Eddy - HMMER User's Guide.pdf
-rw-r--r--  1 yeyuntian yeyuntian     18 6月  13 22:39 .gitignore
-rw-r--r--  1 yeyuntian yeyuntian    602 6月  13 22:39 INSTALL
-rw-r--r--  1 yeyuntian yeyuntian   8316 6月  13 22:39 install-sh
drwxr-xr-x  2 yeyuntian yeyuntian   4096 7月  17 20:34 libdivsufsort/
-rw-r--r--  1 yeyuntian yeyuntian   3530 6月  13 22:39 LICENSE
-rw-r--r--  1 yeyuntian yeyuntian   4875 6月  13 22:39 Makefile.in
-rwxr-xr-x  1 yeyuntian yeyuntian    798 6月  13 22:39 makeTAGS.sh*
drwxr-xr-x  2 yeyuntian yeyuntian   4096 7月  17 20:34 profmark/
-rw-r--r--  1 yeyuntian yeyuntian   2738 6月  13 22:39 README.md
-rw-r--r--  1 yeyuntian yeyuntian   4144 6月  13 22:39 RELEASE-3.2.1
drwxr-xr-x  4 yeyuntian yeyuntian   4096 6月  13 22:51 src/
drwxr-xr-x  2 yeyuntian yeyuntian   4096 7月  17 20:34 test-speed/
drwxr-xr-x  2 yeyuntian yeyuntian   4096 7月  17 20:34 testsuite/
drwxr-xr-x  2 yeyuntian yeyuntian   4096 7月  17 20:34 tutorial/

其中有一个PDF文档是用户指南（详细的用法可以参考这个上面的）
OK，这样我们就下载好了我们需要的安装包接下来就是安装

HMMER软件的安装

需要注意的是：在这个PDF中提到了在Ubuntu下可以采用apt的方法进行安装（在这个地方我也就放一下具体命令，但是我并没有采用这个方法来安装）

apt install hmmer

我采用的是Source Code 安装方法进行安装

具体方法如下

1. 查看hmmer软件解压中的内容

yeyuntian@yeyuntian-rescuer-r720-15ikbn:~/CYPdata/hmmer-3.2.1$ ll
total 1036
drwxr-xr-x 10 yeyuntian yeyuntian   4096 7月  17 20:35 ./
drwxrwxr-x  3 yeyuntian yeyuntian   4096 7月  17 20:40 ../
-rw-r--r--  1 yeyuntian yeyuntian  44166 6月  13 22:39 config.guess
-rw-r--r--  1 yeyuntian yeyuntian  36141 6月  13 22:39 config.sub
-rwxr-xr-x  1 yeyuntian yeyuntian 249809 6月  13 22:50 configure*
-rw-r--r--  1 yeyuntian yeyuntian  24122 6月  13 22:39 configure.ac
drwxr-xr-x  4 yeyuntian yeyuntian   4096 7月  17 20:34 documentation/
drwxr-xr-x 10 yeyuntian yeyuntian  12288 7月  17 20:34 easel/
-rw-r--r--  1 yeyuntian yeyuntian 605080 6月  13 22:51 Eddy - HMMER User's Guide.pdf
-rw-r--r--  1 yeyuntian yeyuntian     18 6月  13 22:39 .gitignore
-rw-r--r--  1 yeyuntian yeyuntian    602 6月  13 22:39 INSTALL
-rw-r--r--  1 yeyuntian yeyuntian   8316 6月  13 22:39 install-sh
drwxr-xr-x  2 yeyuntian yeyuntian   4096 7月  17 20:34 libdivsufsort/
-rw-r--r--  1 yeyuntian yeyuntian   3530 6月  13 22:39 LICENSE
-rw-r--r--  1 yeyuntian yeyuntian   4875 6月  13 22:39 Makefile.in
-rwxr-xr-x  1 yeyuntian yeyuntian    798 6月  13 22:39 makeTAGS.sh*
drwxr-xr-x  2 yeyuntian yeyuntian   4096 7月  17 20:34 profmark/
-rw-r--r--  1 yeyuntian yeyuntian   2738 6月  13 22:39 README.md
-rw-r--r--  1 yeyuntian yeyuntian   4144 6月  13 22:39 RELEASE-3.2.1
drwxr-xr-x  4 yeyuntian yeyuntian   4096 6月  13 22:51 src/
drwxr-xr-x  2 yeyuntian yeyuntian   4096 7月  17 20:34 test-speed/
drwxr-xr-x  2 yeyuntian yeyuntian   4096 7月  17 20:34 testsuite/
drwxr-xr-x  2 yeyuntian yeyuntian   4096 7月  17 20:34 tutorial/

其中有个文件为：configure的可执行文件

2. 然后执行一下命令进行编译

./configure 
make
make check 
make install 
cd src/
sudo make install 

最后电脑会提示：

for file in alimask hmmalign hmmbuild hmmconvert hmmemit hmmfetch hmmlogo hmmpgmd hmmpress hmmscan hmmsearch hmmsim hmmstat jackhmmer phmmer nhmmer nhmmscan makehmmerdb; do \
   /usr/bin/install -c -m 0755 $file /usr/local/bin/ ;\
done

这就表明，环境变量已经配置完整，可以在任何地方进行调用

3. 检查命令调用情况

yeyuntian@yeyuntian-rescuer-r720-15ikbn:~$ hmmscan -h
# hmmscan :: search sequence(s) against a profile database
# HMMER 3.2.1 (June 2018); http://hmmer.org/
# Copyright (C) 2018 Howard Hughes Medical Institute.
# Freely distributed under the BSD open source license.
# - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
Usage: hmmscan [-options] <hmmdb> <seqfile>

OK 这样 HMMER软件安装就完成了

未完待续。。。因为基因组Data还没有下载好