生物信息学生物信息学从零开始学

查找核苷酸或氨基酸序列中的重复基序(重复片段)

2020-09-04  本文已影响0人  生信雀

很多时候,我们需要寻找或者筛选某条序列中存在的重复片段,同时我们事先也不知道有哪些重复片段,以及它们的长度。

相比与其他软件,我更喜欢BioAider里的这个简洁的寻找重复片段的功能。

BioAider V1.314

进入界面:

第一步:输入一条或者多条fasta格式的序列,核苷酸或氨基酸序列均可;

第二步:设置预筛选的重复片段的长度范围,最小长度和最大长度;

第三步:拖入一个用于输出的文件夹或者粘贴一个文件夹的路径到输入框;

第四步:点击运行。

上述的参数筛选结果:

重复片段+位置

一条800多bp的氨基酸序列,大约6秒钟就跑完了。

Nice!

BioAider官网下载地址:https://github.com/ZhijianZhou01/BioAider/releases/tag/1.314

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