HiC数据预处理后一些输出格式（整理中，欢迎补充）
2020-05-20 本文已影响0人
xuzhougeng
Juicer的输出文件: merged_nodups.txt
- read1的FLAG，对应SAM的第二列，FLAG
- read1比对的contig，对应SAM的第三列，RNAME
- read1比对的contig的位置，对应SAM的第四列，POS
- read1排序后的位置编号
- read2的FLAG，对应SAM的第二列，FLAG
- read2比对的contig，对应SAM的第三列，RNAME
- read2比对的contig的位置，对应SAM的第四列，POS
- read1排序后的位置编号
- read1的比对得分，对应SAM的第五列，MAPQ
- read1的CIGAR，对应SAM的第六列，CIGAR
- read1的序列
- read2的比对得分，对应SAM的第五列，MAPQ
- read2的CIGAR，对应SAM的第六列，CIGAR
- read2的序列
- read1的ID
- read2的ID
Read所在链可以通过FALG计算，我统计之后发现只有0和16两个值（2048会被直接过滤掉），0表示'+',而16表示'-'。
HiC-Pro的输出文件*.allValidPairs
- read的ID
- read1比对的contig，对应SAM的第三列，RNAME
- read1比对的contig的位置，对应SAM的第四列，POS
- read1所在链
- read2比对的contig，对应SAM的第三列，RNAME
- read2比对的contig的位置，对应SAM的第四列，POS
- read2所在链
