任何人！一键完成物种间的共线性分析与可视化
写在前面
类似的主题，我们已经推出了一篇主题为《一键完成共线性（MCScanX）分析》的文章。推出之后一部分人用着挺好。也有相当部分朋友却不知为何遇到各种各样的问题。这些问题，源于输入文件的类型，格式变化过多，以至于需要用户对软件输入文件的基本格式有了解。此外，分析门槛的降低，使得大家更快更好更容易地得到流程结果，但更多人却卡在可视化这一步。
事实上，我认为在这些地方卡住的朋友，应该选择放弃。有一些分析，本来就不需要做；或者有一些分析，应该选择与人合作；每个人应该做自己擅长的事情，将时间投入到自己不擅长的事情上，并不是不能变得擅长，而是在于你投入的时间成本与收益会明显不成正比。
当然，我最不想看到的是，TBtools，你居然都不会用？我写的软件，追求的是任何人，打开软件就会使用，因此，我最厌倦的是有人居然打开了不会用，更甚至是用错了，却将问题归结于软件。
我并不是没有时间一一怼回去，而只是懒得跟这些朋友折腾，这明显是在浪费我的时间。
但是，无论如何，你往往改变不了其他人。你能做的是，改变你自己。毕竟，后者的成本更低。
解决办法
基于近期看到的这个问题，也在管理员@百合 的建议下，我对这个功能做了一些修改，主要是尽可能确保，主要用户提供正常的gff3和基因组序列文件，那么功能就一定能正常运行，而且运行结果一定不会有错。
现在更新后的版本，跟之前的输入完全一样，需要用户提供四个输入文件（事实上，这些文件，你可以直接在网络上直接下载，解压后直接用于输入，不需要你做，也希望你绝对不要做多余的操作）
- 物种1 - 基因组序列文件（请不要输入基因序列文件，如果不知道差别就不要用了）
- 物种1 - 基因结构注释信息文件
- 物种2 - 基因组序列文件
- 物种2 - 基因结构注释信息文件
打开TBtools
设置输入文件，然后点Start
可能会弹出这类提示，
这是告诉你，你的注释见中，存在三个序列其实并没有CDS注释，换句话说，其他的都没问题，不用管。跑完就是了
提示：
- 如果你是要做物种内的共线性，那么物种1 和物种2 完全一样的输入，支持。
- 你输入的是gff3 或者 gtf，那么软件会处理，也支持。
- 如果你的染色体id或者基因id在两个物种之间有重复（尤其是当你是从NCBI下载两个物种的基因组序列和注释信息），那么软件可以正常处理，会自动检测并加上随机数字，所以，也支持
- 如果你输入的基因结构注释信息，其中没有CDS的注释信息，那么请你放弃。
绘图文件支持
如果只是完善前述的功能，我们并没有再多余地写一篇推文，因为这看起来毫无意义。我写的功能，我自己也使用，我当然能注意到这些功能用起来到底够不够爽。很明显，一方面我觉得一般，另一方面，我真是厌倦了各种各样的问题：
- 怎么准备ctl文件，我要做两物种的共线性可视化
- 为什么我按照格式准备了文件，可视化的时候会报错？
Emmmm....我真是受够了！于是我在这个 OneStepMCScanX 功能的输出中，直接输出一定可以用于可视化的几个文件。
其中红色是DualSyntenyPlot可用的输入文件，绿色的是MultipleSyntenyPlot可用的输入文件。
所以你要可视化，很简单。打开TBtools
你需要做的，可能是修改下顺序，或者去掉一些不想展示的染色体，（编辑.ctl文件）
如果你后续是想用多物种的，那么这里提供了当前两个物种的可视化文件，你可以用于跟其他结果合并，然后再可视化
剩下的，看你自己了
写在最后
我只是不想回复任何使用问题，或许最好的办法是让使用问题不可能出现。
