structure软件使用

2018-07-30 本文已影响45人灵动的小猪

PCA和进化树虽然也可以分析群体结构，但是一些细节的信息无法做出判断，这时候就需要单独的对群体结构进行一个解读了。

在做structure的时候，用全部的SNP做好，还是随机抽样5000SNP做好一些？
实际上你看structure软件说明，structure分析的时候最好是用非连锁标记，所以用全基因组用structure标记是有问题的。所以，应该随机抽样部分标记进行分析才是正确的。另外structure运算过程非常慢，如果用全部SNP分析需要算非常长时间。因为选择的SNP是独立的位点，所以需要先分析LD衰减值，在进行分析。