远程登录服务器

• 在windows下需要下载putty小软件 然后在软件的IP地址栏输入要登录的服务器的IP地址，点击登录，然后输入用户名，回车后输入密码。
• 在MAC系统下，直接在终端中输入ssh 用户名@IP -p 端口序号，回车后输入密码。

修改密码

在命令行中输入passwd

切换文件夹

cd
/：代表根目录
~：代表家目录
. ：代表当前目录
.. ：代表上级目录
绝对路径：从根目录开始的路径
相对路径：相对于当前路径

查看文件列表

ls
ls -l :查看文件的详细信息
ls -a: 查看隐藏文件

查看文件内容

cat 文件：可以查看数据较小的文件的内容
less 文件：查看数据量大的
head -n 文件：查看前几行
tail -n 文件：查看后几行

文件的拷贝、移动和删除

拷贝：cp [-r] 源文件[夹] 目标文件[夹]
移动：mv 源文件[夹] 目标文件[夹]
删除：rm [-r] 文件[夹]
链接：ln -s 文件[夹]

编辑文件内容

vi 文件名：进入vi的命令模式
按I键进入编辑模式
按ESC退出编辑模式，进入命令模式
将光标移动到某一行按Y键两次进行复制，然后按P键进行粘贴；如果复制两行则按2YY进行复制，按P粘贴。
若想要删除某行则需要将光标移动到该行按D键两次就可以删除该行。
若操作失误可以按U键进行撤销。
若想要选择某些内容，可以按V键，然后选择需要复制或者剪切的文本，按Y键或者C键执行，然后按P键。

压缩和打包

压缩：gzip 文件 或者bzip2 文件
解压：gunzip 文件.gz 或者bunzip2 文件.bz2
压缩和打包：tar -zcvf 打包后文件.tar.gz *.fa 或者tar -jcvf 打包后文件.tar.bz2 *.fa
解压和打包：tar -zxvf 打包后文件.tar.gz 或者tar -jxvf 打包后文件.tar.bz2

修改文件的权限

利用chmod命令来修改文件的权限

• 用户分类：u(属主)、g(同组)、o(其他人)
• 权限分类：r(可读)、w(可写)、x(可执行)
• chmod修改权限：+(增加权限)、-(去除权限)、=(赋予权限)
• 例如：修改test.txt这个文件的可写权限：
  chmod u-w test.txt 这样自己就对这个文件只有可读的权限，不能进行写。
  chmod g-w test.txt 这样同组的人只有可读的权限