中国大学MOOC的生物信息学之山东大学

2020-02-18 本文已影响0人因地制宜的生信达人

昨天我们在生信技能树分享了：中国大学MOOC的生物信息学公开课之河南科技大学，然后在生信菜鸟团分享了：中国大学MOOC的生物信息学之华中农业大学

不知道学习的朋友多不多，反正留言参与推动高校生物信息学课程改革的朋友很少。

确实各大高校的课程设置，跟不上生物信息学的发展速度啊！这两天我会把全部中国大学MOOC的生物信息学课程搬运过来推荐给大家，如果确实有需要的朋友，可以查漏补缺，适当看一看。但是我们的重点是讨论一下新时代的生物信息学课程设置，不应该是这样的泛泛而谈的生物信息学认知课。

我这里起一个头，我希望高校可以开设的课程包括；

肿瘤数据库之TCGA计划（希望可以介绍NGS技术在肿瘤学的应用，TCGA计划的来龙去脉，数据背后的生物学认知革命）
实用生物信息学统计大全（包括差异分析，富集分析，GSEA，WGCNA，GSVA等等）
生物信息学图表绘制课（各种NGS组学数据下游分析图表展示示例讲解）
其它待你补充哦

今天我们推荐的是山东大学的生物信息学课程（是中国大学MOOC的3大生物信息学公开课里面内容最多，参与人数最多，好评最多的！）

https://www.icourse163.org/course/SDU-1001907001

课程目录

01 绪论

1.1 课程介绍
1.2 探索生物信息学神秘岛
1.3 生物信息学是神马
1.4 这门课学神马

第二章：生物数据库（第一部分）

2.1 为什么需要生物数据库
2.2 生物数据库的分类
2.3 文献数据库：PubMed
2.4 一级核酸数据库：GeneBank
2.5 一级核酸数据库：基因组数据库
2.6 二级核酸数据库

第二章：生物数据库（第二部分）

2.7 一级蛋白质序列数据库：UniProtKB
2.8 一级蛋白质结构数据库：PDB
2.9 二级蛋白质数据库：Pfam，CATH，SCOP2
2.10 专用数据库：KEGG，OMIM

第三章：序列比较（第一部分）

3.1 认识序列
3.2 序列相似性
3.3 替换记分矩阵
3.4 序列两两比较：打点法
3.5 序列两两比较：序列比对法
3.6 一致度和相似度

第三章：序列比较（第二部分）

3.7 在线双序列比对工具
3.8 BLAST搜索

第三章：序列比较（第三部分）

3.9 多序列比对介绍
3.10 在线多序列比对工具
3.11 多序列比对的编辑和发布
3.12 寻找保守区域

第四章：分子进化与系统发生

4.1 进化的故事
4.2 基本概念
4.3 系统发生树
4.4 系统发生树的构建
4.5 MEGA7构建NJ树
4.6 课后甜品

第五章：蛋白质结构预测与分析（第一部分）

5.1 蛋白质的结构
5.2 蛋白质的二级结构
5.3 蛋白质的三级结构
5.4 三级结构可视化软件VMD

第五章：蛋白质结构预测与分析（第二部分）

5.5 计算方法预测三级结构
5.6 三级结构的比对
5.7 蛋白质分子表面性质

第五章：蛋白质结构预测与分析（第三部分）

5.8 获取蛋白质四级结构
5.9 蛋白质-蛋白质分子对接
5.10 蛋白质-小分子分子对接
5.11 虚拟筛选与反向对接
5.12 分子动力学模拟

第六章：高通量测序技术及应用

6.1 基因组学与测序技术
6.2 高通量测序技术在精准医学中的应用
6.3 生物信息学面临的挑战
6.4 从头测序
6.5 重测序
6.6 转录组测序
6.7 表观基因组学
6.8 猛犸象基因组测序计划
6.9 古基因组学面临的挑战
6.10 古基因组学研究中的生物信息技术

第七章：统计基础与序列算法

7.1 贝叶斯公式及其生物学应用
7.2 二元预测的灵敏度和特异度
7.3 基本序列算法

第八章：数据挖掘

8.1 什么是数据挖掘
8.2 数据库系统
8.3 机器学习
8.4 WEKA

第九章：编程基础与网页制作（第一部分）

9.1 Linux操作系统
9.2 Linux基本命令
9.3 Perl语言基础入门
9.4 Perl语言基础高级

第九章：编程基础与网页制作（第二部分）

9.5 前端开发和HTML介绍
9.6 HTML常用标签
9.7 设计简单的网页
9.8 HTML与CGI简单交互

可以看到，基本上是围绕着生物信息学早期概念而展开的，现在流行的NGS测序，以及各种的组学技术都没有涉及。

参考资料

陈铭主编，生物信息学（第三版），科学出版社，2018年6月。

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