热图 | 转录组样品表达量相关系数矩阵

写在前面

很多时候，我们做完转录组，会想着看看样品与样品之间的表达相关性如何？依此，可以看看是否存在异常样品，也或许可以找到一些生物学相关问题。常常，我会使用 R 语言的 Corr 函数，然后用 pheatmap 出个图。当然，这个两行命令就解决了。但是呢 pheatmap 出的热图调整起来还是麻烦。为了偷懒，我决定花点时间，在 TBtools 中直接写一个。因为这个功能比较简单，其实就是读取表达量矩阵，计算样品间相关系数，用系数矩阵绘制热图。

Expression Corr Calc

感觉就是十来分钟的事情，真的太简单。打界面麻烦了点，不过我也有些好的组件，所以，其实也简单。结果如下，

从界面来看，使用更简单，只需要给一个基因表达量矩阵即可。

点击 Start 之后，可以看到输出的 相关系数矩阵。
方便起见，同步输出 Heatmap，如下

接下来就是按照热图常见操作，做个微调，得到图稿如下

看起来不错，当然其实就是调用 TBtools 的 Heatmap，所以你可以做各种各样的微调.....

写在最后

Emmm，又是一个简单的小工具。事实上，我很久以前也有想过写这个，但是呢....用不上。这次写的原因简单，我觉得原有的方式出来的热图，不是我要的效果，因为不够好看。
但是，TBtools 出的热图，好看！而且，细节容易调整。