2.Autodock使用--小分子处理（20180706）

1.建立工作文件夹，把大小分子的pdb文件拉进去。

2.打开Mgltools下面的Autodock tools

3.先处理小分子，File--Read Molecular--找到小分子的PDB文件----然后点Edit下的Hydrogens--add--Ok（给小分子加上氢原子）

  然后Edit--Charge--compute Gasteger（给小分子加电荷）

处理完成后，点击Ligand---input--choose--选择Ligand--Selection---确定。

再点击Ligand--Torsion Tree--Detect Root（自动确定扭矩中心）

再点击Ligand--Torsion Tree--Choose Torsions（确定连接过程中那些是可以旋转的，那些是不可以的，可以旋转的是绿色，不可以旋转的是红色）---Done（使用软件预测的结果）

小分子就处理完了，要保存成pdb文件了。

点ligand--output--save as PDBQT....保存到建立的文件夹下面。