单细胞转录组“宝典” | 组织到细胞（核）前沿方法汇总

样本制备设计要点

1. 样本制备消化方案？

单细胞样本制备其实不仅仅是酶的选择，它包含很多其它的因素，包括科研目的、组织解离方式。

例如：科研目的的选择：

• 如果做某一组织图谱类研究，小诺不建议您冷冻保存再复苏的方式进行单细胞捕获实验，因为某些脆弱敏感的细胞可能会无法被捕获。

• 但是如果您研究的是样本间的比较，或者之前已经做过基础性研究的实验，那么冻存寄送还是比较适合的。

图1 样本制备消化设计参考来源 图2 样本制备消化方案参考1

2. 组织是抽核还是制备成单细胞悬液？暂时不上机10x Genomics的细胞可以怎么保存？

一般情况下，新鲜的单细胞悬液适合大部分研究方向，但是也有部分组织是需要采用冷冻抽核：

• 在实验样本取样过程中存在单次样本量极少、需要频繁取样、时间紧张等情况，那么冷冻抽核也是一种选择；

• 细胞本身直接过大，已经超过10x Genomics官方平台推荐的细胞直径，需要采用抽核。

当然，制备成新鲜的单细胞悬液后，也可能存在特殊情况需要单独保存。其实细胞保存方法除了传统的梯度冻存冷冻外，这些年来也有一些其他的细胞保存方法开始陆续呈现。例如10x Genomics官网流程方法中的甲醇固定及近期的细胞固定的试剂盒，它们都采用制备后固定的方法进行后续的单细胞实验。

图3 样本制备消化方案参考2

文章案例展示及应用

1. 细胞抽核、固定后可以做哪些研究？

其实无论是细胞抽核或者细胞固定，均是为了满足平台及后续科研目的而产生的方法。一般情况下仅做转录组学研究的话，这些方法基本上可以满足。

（1）细胞冷冻抽核：

参考文献：Identification of epilepsy-associated neuronal subtypes and gene expression underlying epileptogenesis

发表时间：2020年10月7日

发表期刊：Nature Communications

影响因子：12.121

研究思路：

（2）细胞甲醇固定：

参考文献：Mosquito cellular immunity at single-cell resolution

发表时间：2020年8月28日

发表期刊：Science

影响因子：41.845

研究思路：

（3）细胞vivoPHIX (RNAssist Ltd, Cambridge, UK)试剂盒固定：

参考文献：Gene regulatory networks controlling vertebrate retinal regeneration

发表时间：2020年10月1日

发表期刊：Science

影响因子：41.845

研究思路：