Linux环境下的软件安装

• 不同的生信实战项目，需要定制conda的分身。
• conda相当于Linux的应用商店，日常生信使用小而精的miniconda即可，90%以上的软件都能够搜到。

安装步骤

1. 输入命令uname -a，查看服务器是多少位的。
2. cd ~/biosoft 切换工作目录至biosoft文件夹。
3. wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh 下载Miniconda。
4. bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh 开始安装程序。
5. source ~/.bashrc 激活conda重要。
6. 为加快下载软件的速度，使用清华镜像。

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes

初次使用conda

1. conda list 查看当前所有软件列表。
2. conda search fastqc搜索软件fastqc。
3. conda install fastqc -y 安装软件，短选项-y表示自动安装。
4. 如若需要指定版本号，可以conda install fastqc=0.11.7 -。
5. conda remove fastqc -y 卸载软件。
6. conda info --envs查看当前conda有哪些环境，前面带*就是默认的。
7. conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y 如转录组项目，先建立名叫rna-seq的conda环境，指定python版本是3，同时安装fastqc、trimmomatic两个软件。
8. conda activate rna-seq激活新的conda环境。
9. fastqc查看帮助信息确认安装是否成功。

备注

1. conda 环境，即conda environment，不同生信项目需要不同的软件或软件的不同版本，为了相互独立，避免干扰，需要配置不同的软件环境。这个环境就是conda环境。
2. 软件下载过程中网络的稳定至关重要。
3. 安装过程出现问题不要怕，有时重装一次就成功了。
4. Linux操作系统中的软件，安装后需要激活，这点和Windows不同。