如何研究目标基因的上下游

这里就是为了记录一下实验涉及的思路

eg：我之前的研究中发现某基因的过表达可以促进肿瘤凋亡，如果我想研究它受到上游哪些基因的调控或者调控哪些下游基因，应该怎么做呢?

如果研究目的基因受到上游哪些基因的调控,建议从整个基因的转录因子入手或者表观遗传修饰入手。

从转录因子入手，可以通过Encode的数据预测这个基因受到哪些转录的调控(需要一 定的生物信息分析能力)，然后再用RNAi等技术来验证;

从表观遗传修饰入手，可以假设在肿瘤细胞中这个基因的启动子区域或者组蛋白受到修饰，从而影响其表达。可以通过DNA甲基化特异性PCR技术检测下该基因的启动子区域是否存在甲基化修饰（也可以利用一些甲基化数据库进行预测），如果甲基化程度比较高，下一步再用去甲基化酶处理下细胞，然后再检测下这个基因的表达是否有上调，细胞凋亡是否有增加。另外也可以从组蛋白修饰入手，这个就需要用到CHIP- PCR技术,分别用H3K4me3的抗体和H3K27me3抗体(这两种是最常用的)，拉出DNA,然后设计针对这个基因启动子区域的PCR引物，检测这个基因的组蛋白修饰情况。H3K4me3的信号意味着这个基因处于转录激活状态，如果是H3K27me3则处于转录沉默状态。

如果是研究调控的下游基因，可以采取在细胞模型中高表达和沉默这个基因,然后采用RNA-seq或者表达谱芯片，检测下哪些基因的表达发生改变,然后进行KEGG和GO分析,找出跟凋亡相关的基因，这样就可以推断出这个基因所调控的下游基因。如果您想看看这个基因是否对ncRNA有调控作用，建议先从miRNA入手，这个比较好研究一些。实验思路就是先高表达或者沉默这个基因，然后用small RNA测序或者miRNA芯片,检测下是否有mirna的表达出现改变，加入找出表达改变的miRNA,下一步再进行功能验证。假设这个基因高表达后促进了miRNA-X的高表达(或者表达下调)，那么可以通过软件预测这个miRNA的靶基因，假如调控的靶基因就刚好有跟增殖凋亡相关的基因，那就皆大欢喜了，接下来按照miRNA的研究思路进行就可以。这个思路可以参考这篇文章:

感谢心随所愿zh！