相关分析数据转化为ggplot2可识别格式
2019-08-21 本文已影响4人
落寞的橙子
将相关分析的matrix转化为包含pvalue和R2的ggplot2格式的文件,以便可视化
suppressMessages(library(PerformanceAnalytics))
suppressMessages(library(Hmisc))
res <- rcorr(as.matrix(data))
flattenCorrMatrix <- function(cormat, pmat) {
ut <- upper.tri(cormat)
rt<-data.frame( row = rownames(cormat)[row(cormat)[ut]],
column = rownames(cormat)[col(cormat)[ut]], cor =(cormat)[ut], p = pmat[ut] )
colnames(rt)<-c("Symble1","Symble2","R2","pvalue")
return(rt)
}
newRes<-flattenCorrMatrix(res$r, res$P)