科研信息学生物信息学从零开始学生物信息学与算法

相关分析数据转化为ggplot2可识别格式

2019-08-21  本文已影响4人  落寞的橙子

将相关分析的matrix转化为包含pvalue和R2的ggplot2格式的文件,以便可视化

suppressMessages(library(PerformanceAnalytics))
suppressMessages(library(Hmisc))
res <- rcorr(as.matrix(data))
flattenCorrMatrix <- function(cormat, pmat) {
  ut <- upper.tri(cormat) 
  rt<-data.frame( row = rownames(cormat)[row(cormat)[ut]], 
                                      column = rownames(cormat)[col(cormat)[ut]], cor =(cormat)[ut], p = pmat[ut] )
  colnames(rt)<-c("Symble1","Symble2","R2","pvalue")
  return(rt)
}
newRes<-flattenCorrMatrix(res$r, res$P)
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