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生信漫谈 | 植物基因家族种类有哪些?

2023-06-26  本文已影响0人  生信漫谈

随着测序技术的进步,一系列重要物种的全基因组测序得以完成,极大地促进了植物基因组学研究的开展。基于全基因组数据来探讨基因组的进化规律越来越成为进化生物学研究的重要方向。想研究有意义的植物基因家族进化,那研究那种呢?好多初学者都有这个疑问。

看你研究什么物种,现在都有现成的网站进行了分析,以拟南芥为例,已经鉴定的转录因子有2296个,分成了58个基因家族,这只是转录因子的,一般研究转录因子的基因家族比较多,你可以根据你的物种进行具体分析。

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植物的都在这里有,具体的查找点上方菜单Download,也可以输入物种名称点Search进行查找。

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这网站的功能还是很齐全的,大家多多研究:

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以拟南芥的转录因子AP2家族的一个基因为例进行分析,可以看到一些具体的保守结构域:

image.png 一些功能分析,靶基因预测,互作蛋白: image.png

该研究基因已发表的文献:


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今天就先给大家介绍到这里,希望大家的科研能有所帮助!祝您科研顺利快乐!


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